Museum Pusaka Keraton Kasepuhan merupakan museum khusus yang didirikan untuk melindungi sejarah dari Keraton Kasepuhan di Cirebon. Museum ini menyimpan benda-benda pusaka peninggalan pemimpin Keraton Kasepuhan sejak masa lalu, mulai dari masa Padjajaran, Fatahillah, Sunan Gunung Jati, Panembahan Ratu, hingga Sultan Sepuh I sekarang

Museum Tanah merupakan museum khusus yang menyajikan informasi mengenai segala hal berkaitan dengan tanah, diantaranya sampel tanah dari berbagai wilayah di Indonesia dan proses survei serta pemetaan tanah. Museum ini didirikan atas kerjasama antara Kementerian Pertanian dan International Soil Regerence an Information Centre (ISRIC) Wageningen Belanda pada 29 September 1988.

Museum Nyah Lasem merupakan rumah yang dijadikan museum untuk melindungi peninggalan Tionghoa yang ada di Lasem. Museum ini didirikan pada tahun 1850-an di Gang IV Karangturi, Lasem, Rembang. Museum ini merupakan museum keluarga besar A. Soesantio sejak dulu. Koleksi yang dipamerkan di museum ini cukup beragam, seperti kain batik tulis khas Lasem, foto-foto kuno, buku-buku kuno. Koleksi ditampilkan rapi dan dilengkapi keterangan pada setiap koleksinya, dan museum ini tidak membatasi siapapun yang ingin menyumbangkan koleksi. Museum ini juga menjadi tempat berkumpul komunitas-komunitas pelestari budaya yang ada di Lasem. Di Museum ini terdapat ruang pamer yang berkaitan dengan batik, karena dulunya keluarga A. Soesantio pernah menjalankan bisnis batik. Koleksi tersebut berupa peralatan yang digunakan dalam proses pembuatan batik. Selain itu, ada juga koleksi korespondensi bisnis batik sejak awal abad ke-20. Contohnya adalah surat bertahun 1936 tentang penawaran harga bahan kimia dalam bahasa Indonesia yang dikirim sebuah toko di Solo, kuitansi yang ditulis dengan aksara Cina dari seorang rekan bisnis di Juwana, dan surat pengiriman bahan pewarna dari sebuah firma di Bogor yang ditulis dalam bahasa Belanda. Dari koleksi tersebut dapat disimpulkan bahwa jaringan bisnis batik di Lasem kala itu sudah sangat luas.

Museum Masjid Agung Demak merupakan museum khusus yang didirikan untuk menjaga peninggalan dari Masjid Agung Demak, Museum ini berada di sebelah utara serambi Masjid Agung Demak. Peninggalan Masjid Agung Demak yang menjadi koleksi museum ini berjumlah 191, beberapa diantaranya adalah miniatur Masjid Demak, saka guru/ tiang penyangga masjid, dan pintu bledeg Ki Ageng Selo. Hal yang unik dari museum ini adalah adanya saka guru sebagai penyangga masjid, salah satu saka guru tersebut merupakan buatan Sunan Kalijaga. Saka guru tersebut dibuat dari serpihan-serpihan kayu yang dipadatkan yang kemudian dikenal sebagai saka tatal. Saka tatal mengandung makna simbolis sebagai bentuk kedekatan Sunan Kalijaga dengan rakyat kecil. Pengelolaan museum ini dipegang oleh Masjid Agung Demak.

Di dalam Keputusan Gubernur Jawa Tengah Nomor 432.1.05/106/2005 tanggal 16 Desember 2005 tentang pembentukan tim Museum Masjid Agung Jawa Tengah, yang diperbaharui dengan keputusan Gubernur Jawa Tengah, Nomor 432.105/5/2006 tanggal 8 Februari. Museum Perkembangan Islam Jawa Tengah merupakan museum khusus yang berada di Semarang, Jawa Tengah, berlokasi di lantai 2 dan 3 Menara Asmaul Husna, Masjid Agung Jawa Tengah, Semarang. Museum ini berada di bawah kepemilikan Masjid Agung Jawa Tengah dan pengelolaan Dewan Pengurus Pusat (DPP) Masjid Agung Jawa Tengah. Museum ini mengoleksi peninggalan sejarah masa Islam dari berbagai daerah di Jawa Tengah. Koleksi museum berupa iluminasi Al-Quran, wayang golek Menak, wayang Sadat, Gayor Masjid Sunan Muria, keramik, dan beberapa koleksi lainnya. Museum ini juga menampilkan hubungan pesantren dengan nasionalisme melawan penjajah, seperti tulisan tokoh yang ditahan selama masa penjajahan dan pakaian santri masa penjajahan. Koleksi unggulan dari museum ini adalah pedang prajurit Diponegoro, maket Masjid Agung Jawa Tengah, gamelan, dan artefak kapal dagang.

Museum Soesilo Soedarman merupakan museum khusus yang dibangun untuk menghormati almarhum Jenderal Soesilo Soedarman (1928 – 1997), seorang pemimpin militer terkemuka Indonesia. Museum ini diresmikan pada 24 Maret 2000. Peresmian oleh Direktur Utama PT. Telkom Tbk, dan dihadiri oleh ibu Widaningsri Soesilo, Bupati Cilacap Herry Tabri Karta, SH, Bp. Dr.Ir. Indroyono Soesilo, Msc, Apu sebagai pemilik museum dan seluruh keluarga besar Soesilo Soedarman serta masyarakat setempat. Pengelolaan museum ini dipegang oleh Yayasan Museum Soesilo Soedarman. Museum menempati pendopo Jawa Wisma Mbah Ageng yang memperlihatkan ciri khas pendopo Banyumas yang dibangun pada 1899 oleh Eyang Dipakarsa. Ia adalah Penatus atau Kepala Desa Pertama di Desa Gentasari, yang dikenal pula sebagai Eyang Mendali, dan merupakan Eyang Buyut dari Soesilo Soedarman. Di dalam pendopo tedapat perabotan rumah tangga dan ornamen pusaka keluarga Jawa pada akhir abad ke- 19 dan awal abad 20. Di halaman museum terdapat kendaraan Panser Amphibi BRDM Batalyon Kavaleri I TNI AD “Badak Putih”. Selain itu, terdapat foto dan peluru kanon tank serta panser Indonesia.