Museum Asmat Taman Mini “Indonesia Indah” (TMII) merupakan museum etnografi yang menceritakan tentang gambaran kehidupan masyarakat Asmat. Museum ini dibangun atas prakarsa Ibu Tien Soeharto setelah melihat pameran produksi I di Silang Monas pada tahun 1985. Museum Asmat diresmikan pada tanggal 20 April 1986 dengan luas bangunan 6500 m². Museum Asmat TMII berarsitektur rumah Kariwari yang merupakan rumah yang dimiliki Suku Tobati dan Enggros, Papua.

Peletakan tiang pancang dilakukan pada tanggal 4 Mei 2017 di area Taman Samarendah usai shalat Dzuhur berjamaah, maka dimulailah pembangunan Museum yang diharapkan akan menjadi landmark baru dan starting point destinasi wisata di kota Samarinda. Pada hari Kamis tanggal 8 Februari 2018 Wali Kota Samarinda, Bapak H. Syaharie Jaang bersama Gubernur Kaltim, Bapak H. Awang Faroek Ishak meresmikan 11 proyek infrastruktur dalam kota Samarinda. Proyek yang diresmikan itu ada proyek tahun tunggal, ada juga proyek tahun jamak. Peresmian dipusatkan di halaman Museum Samarinda, dalam kawasan Taman Samarendah, dan salah satu yang diresmikan adalah Gedung Museum Samarinda. Penyeraham dari Dinas Perumahan dan Pemukiman (DISPERKIM) pada tanggal 29 Oktober 2018. Bulan berikutnya yakni bulan November 2018 pengelolaan Museum Samarinda menjadi tanggung jawab Dinas Kebudayaan. Pada 10 Januari 2019 dilaksanakan Launching Museum Kota Samarinda sekaligus menandai berdiri Museum Kota Samarinda dan dimulainya Operasional Museum. Kemudian pada 4 Maret 2020 dilaksanakan Peresmian/Grand Opening Museum Kota Samarinda, saat itu masih dibawah naungan Dinas Kebudayaan Kota Samarinda, akan tetapi operasional Museum harus dihentikan sementara karena adanya pandemi Covid-19 yang melanda Indonesia. Setelah pandemi Covid-19 usai, Museum kambali buka pada tanggal 14 Februari 2022. Museum Kota Samarinda bersama Dinas Kebudayaan bergabung dengan Dinas Pendidikan menjadi Dinas Pendidikan dan Kebudayaan.

Yayasan Lamin Dayak Batu Cermin Samarinda Kalimantan Timur merupakan museum yang dibangun oleh H. Syaharie Jaang mantan Walikota Samarinda 2010-2021, atas hasil diskusi dari Pengurus Yayasan Lamin Dayak Batu Cermin dan Pengurus Museum Lamin Dayak Batu Cermin Samarinda Kalimantan Timur secara resmi digunakan pada 10 September 2021, selanjutnya pada tanggal 7 Juni 2022 diresmikan dengan nama "Lamin Dayak Batu Cermin" yang tertuang dalam Akta Pendirian Yayasan Lamin Dayak Batu Cermin Nomor 18 tanggal 7 Juni 2022. Kata Lamin (rumah panjang) merupakan rumah tradisional suku Dayak yang sangat dikenal sebagai salah satu bentuk arsitektur yang unik koleksi unggulan yang menjadi sebuah simbol peradaban Masyarakat Dayak.

Sejarah pendirian Museum Sarkofagus tidak terlepas dari sejarah berdirinya Balai Pelestarian Kebudayaan Wilayah XV. Museum Sarkofagus sebelumnya bernama Museum Gedong Arca yang pengelolaanya berada di bawah Balai Pelestarian Kebudayaan Wilayah XV. Pendirian Museum Gedong Arca (Museum Arkeologi) berawal dari gagasan Profesor Soejono dan Soekarto Atmojo, mantan Kepala Dinas Purbakala Bali, untuk memperkenalkan benda cagar budaya (BCB) yang telah dikumpulkan sejak berdirinya Jawatan Purbakala pada tahun 1950. Museum Gedong Arca kemudian resmi berdiri pada tanggal 14 September 1974. Pada tahun 2016 s/d 2018, Balai Pelestarian Cagar Budaya Bali melakukan rehabilitasi terhadap beberapa bangunan dan beberapa bale pelindung sarkofagus Museum Arkeologi Gedong Arca. Melalui dana APBN dari Direktorat Pelestarian Cagar Budaya dan Permuseuamn. Selanjutnya diresmikan oleh Dirjen Kebudayaan Bapak Hilmar Farid tanggal 20 Maret 2019. Mengingat banyaknya tinggalan sarkofagus yang memiliki keunikan tersendiri, Museum Gedong Arca diaktivasi menjadi Museum Sarkofagus oleh Bapak Menteri Fadli Zon pada tanggal 27 Februari 2025.