Awalnya koleksi museum berada di bangunan kedaton. Sejak 1981, pengelolaan bangunan diserahkan kepada Departemen Pendidikan dan Kebudayaan meskipun dalam kesehariannya masih digunakan sebagai kediaman Sultan. Museum diresmikan pada 1982 oleh Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Dr. Daoed Joesoef sebagai Memorial Kedaton Sultan Ternate setelah dilakukan pemugaran.

Museum Batam Raja Ali Haji diresmikan pada 18 Desember 2020. Museum ini memuat berbagai benda bersejarah dan foto peradaban kota kepulauan itu sejak masa Kerajaan Riau Lingga.

Museum Kota Makassar merupakan museum yang mulai dibuka untuk umum pada 7 Juni 2000. Museum ini menyajikan informasi mengenai identitas Kota Makassar, sejarah, dan budaya penduduknya. Pendirian museum didasari oleh ide H.B. Amiruddin Maula saat menjadi Walikota Makassar dengan menempati Gedung balaikota lama yang berada di jantung kota. Gedung museum juga dilengkapi dengan auditorium atau ruang sidang dan ruang audio visual.

Museum Negeri Provinsi Jawa Barat Sri Baduga merupakan museum umum yang didirikan pada tahun 1974 dengan memanfaatkan bangunan lama bekas Kawedanan Tegallega, yang kemudian diresmikan pada tanggal 5 Juni 1980 oleh Menteri Pendidikan dan Kebudayaan waktu itu, Dr.Daoed Joesoef. Penamaan museum ini diambil dari gelar salah seorang Raja Pajajaran, Sri Baduga Maharaja sebagaimana tertulis pada Prasasti Batutulis. Nama ini kemudian ditetapkan melalui Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 02223/0/1990 Tanggal 4 April 1990.

Museum Aceh merupakan museum umum yang didirikan pada tanggal 31 Juli 1915 dengan nama Atjeh Museum yang dipimpin oleh F.W Stammeshaus. Peresmian dan pembukaan museum dilakukan oleh Gubernur Sipil dan Militer Jenderal H.N.A Swart.

Museum Tsunami merupakan museum khusus yang didirikan di atas lahan seluas 10.000 m² pada tahun 2007 dengan keterlibatan beberapa pihak, diantaranya Badan Rehabilitasi dan Rekonstruksi (BRR) NAD-Nias sebagai pembiaya anggaran bangunan, Kementerian Energi dan Sumber Daya Mineral (ESDM) pembiaya anggaran perencanaan, aset isi dan pengadaan koleksi museum. Museum Tsunami diresmikan oleh Bapak Presiden Susilo Bambang Yudoyono pada tahun 2009 dan pada tahun 2011 mulai dibuka untuk dapat diakses publik.