Sejarah pendirian Museum Sarkofagus tidak terlepas dari sejarah berdirinya Balai Pelestarian Kebudayaan Wilayah XV. Museum Sarkofagus sebelumnya bernama Museum Gedong Arca yang pengelolaanya berada di bawah Balai Pelestarian Kebudayaan Wilayah XV. Pendirian Museum Gedong Arca (Museum Arkeologi) berawal dari gagasan Profesor Soejono dan Soekarto Atmojo, mantan Kepala Dinas Purbakala Bali, untuk memperkenalkan benda cagar budaya (BCB) yang telah dikumpulkan sejak berdirinya Jawatan Purbakala pada tahun 1950. Museum Gedong Arca kemudian resmi berdiri pada tanggal 14 September 1974. Pada tahun 2016 s/d 2018, Balai Pelestarian Cagar Budaya Bali melakukan rehabilitasi terhadap beberapa bangunan dan beberapa bale pelindung sarkofagus Museum Arkeologi Gedong Arca. Melalui dana APBN dari Direktorat Pelestarian Cagar Budaya dan Permuseuamn. Selanjutnya diresmikan oleh Dirjen Kebudayaan Bapak Hilmar Farid tanggal 20 Maret 2019. Mengingat banyaknya tinggalan sarkofagus yang memiliki keunikan tersendiri, Museum Gedong Arca diaktivasi menjadi Museum Sarkofagus oleh Bapak Menteri Fadli Zon pada tanggal 27 Februari 2025.

Dengan adanya tujuan pelestarian warisan sejarah dan budaya di kabupaten kepulauan anambas, museum perbatasan kepulauan anambas dibangun pada tanggal 6 April 2023 dengan sumber anggaran yayasan. museum ini diharapkan menjadi pusat kajian sejarah dan kebudayaan anambas, serta menjadi pusat informasi bagi para peneliti dan akeolog. Koleksi museum mecakup foto-foto dan benda-benda bersejarah yang digunakan pada masa lalu.