Perpustakaan Departemen Penerjemahan LAI di Bogor adalah perpustakaan pertama yang dimiliki oleh Lembaga Alkitab Indonesia (LAI). Perpustakaan tersebut mulai dirintis pada tahun 1980. Tujuan utamanya adalah menyediakan informasi bagi para Pembina penerjemahan & penerjemah Alkitab yang bekerja di Dep. Penerjemahan LAI. Dalam perkembangannya perpustakaan tersebut juga menyediakan berbagai buku untuk karyawan di bidang lainnya. Pada pertengahan 1998, Sekum LAl menyampaikan secara lisan kepada kepala Perpustakaan LAl saat itu bahwa ada rencana untuk mengembangkan Perpustakaan LAI menjadi Perpustakaan Biblika & Museum LAl. Intinya adalah Badan Pengurus LAI mengharapkan Perpustakaan LAI dapat dikembangkan untuk kepentingan publik dan akan dilengkapi dengan museum. Perpustakaan & Museum LAI resmi berdiri pada 25 Juli 2002 dan awal mulanya berlokasi di Jl. Ahmad Yani No. 90, Bogor (Kompleks Departemen Penerjemahan LAI) sampai tahun 2012. Berdirinya Museum Alkitab LAl diharapkan dapat membantu pemahaman terhadap dunia Alkitab dengan menyajikan benda-benda dan hal-hal yang berasal dari dunia dan kebudayaan Alkitab untuk dilihat secara langsung. Semua koleksi tersebut sebagian telah dihimpun sebelum PerMus LAI berdiri, yaitu berasal dari koleksi Lembaga Alkitab Belanda yang diserahkan ke LAI, selain ada juga koleksi yang disumbangkan secara pribadi, sementara sebagian lagi dibeli oleh LAI, dari dalam dan luar negeri. Bersamaan dengan peresmian Gedung Pusat Alkitab (GPA) di Jl. Salemba Raya no. 12, Jakarta Pusat maka pada 9 Februari 2012, PerMus LAI juga direlokasi menempati lantai dua & tiga di GPA.

Museum Anatomi Unika Atmajaya merupakan museum khusus yang diresmikan pada 5 Juni 1995 oleh Ketua Yayasan Atma Jaya, Prof. Dr. H. E. Harimurti Kridalaksana bersamaan dengan Lustrum ke-35 Unika Atma Jaya dan diberkati oleh Romo F.X. Krismanto. Berdirinya Museum Anatomi Unika Atmajaya diprakarsai oleh dr. Liliana Sugiharto, MS. PAK (K), beliau belajar dari Museum Anatomi Katholieke Universiteit Nijmegen (KUN) di bawah supervisi Dr.L.M.G. Geeraedts. Pada tahun 2014, Museum Anatomi Unika Atmajaya mengalami renovasi dan diberkati oleh Ketua Dewan Pembina Yayasan Atma Jaya sekaligus Uskup Agung Jakarta, Mgr. Ignatius Suharyo.

Museum Purna Bhakti Pertiwi merupakan museum khusus yang diresmikan pada 23 Agustus 1993 oleh Presiden Republik Indonesia Ke-2, Soeharto, yang saat itu menjabat sebagai Presiden Ke-2 Republik Indonesia. Pendirian museum berasal dari gagasan Ibu Tien Soeharto yang meresmikan museum bertepatan dengan ulang tahunnya. Museum Purna Bhakti Pertiwi merupakan wahana pelestarian benda-benda bersejarah yang berkaitan dengan perjuangan dan pengabdian Presiden Soeharto dan Ibu Tien Soeharto kepada bangsa Indonesia, sejak masa kemerdekaan hingga masa pembangunan.

Prakarsa pendirian Museum dan Monumen Peta berasal dari para mantan Tentara Peta beserta generasi penerus Peta yang tergabung dalam Yayasan Pembela Tanah Air (Yapeta). Peletakan batu pertama pendirian monumennya pada tanggal 14 November 1993, dilakukan oleh Bapak Umar Wirahadikusumah, mantan Wakil Presiden RI ke-4 (1983–1988). Peresmiannya dilakukan pada tanggal 18 Desember 1995 oleh Bapak Suharto, mantan Presiden RI ke-2 (1967–1998). Museum dan Monumen Peta didirikan di Bogor karena merupakan situs bersejarah yang pernah menjadi Pusat Pendidikan dan Pelatihan Perwira Tentara Peta. Setelah kurang lebih 15 tahun dikelola oleh Yapeta, akhirnya pada tanggal 9 Agustus 2010 Museum dan Monumen Peta diserahterimakan kepada Dinas Sejarah TNI-Angkatan Darat (Disjarahad).

Museum Zoologi Bogor merupakan museum khusus yang didirikan pada 1894 atas gagasan dari J. C. Koningsberger dan diresmikan pada akhir Agustus 1901. Ia merupakan seorang ahli botani Belanda serta salah satu perintis berdirinya Kebun Raya Bogor. Koleksi dari museum ini hasil dari pengumpulan J.C. Koningsberger yang sebagian berasal dari wilayah Indonesia dan sisanya dari beberapa negara. Pada awalnya museum diberi nama Landbouw Zoologisch Museum, kemudian pada 1906 berganti menjadi Zoologisch Museum. Empat tahun kemudian berganti lagi menjadi Zoologisch Museum en Laboratorium, antara tahun 1945-1947 lebih dikenal sebagai Museum Zoologicum Bogoriense dan akhirnya berganti menjadi Museum Zoologi Bogor.

Museum H. Widayat dibangun tahun 1991 dan diresmikan pada tanggal 30 April 1994 oleh Prof. Dr. Ing. Wardiman Djojonegoro, Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia. Pada tahun 2014, Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan melalui Direktorat Pelestarian Cagar Budaya dan Permuseuman melakukan revitalisasi museum meliputi perencanaan, pelaksanaan, perbaikan sarana dan prasarana, perbaikan pigura berbagai lukisan yang menjadi koleksi museum, dan pengawasan. Dengan kegiatan revitalisasi ini diharapkan meningkatkan jumlah pengunjung museum sehingga semakin banyak yang mengenal dan mengapresiasi karya-karya H. Widayat. Selain itu, kehadiran museum diharapkan memicu perkembangan seni secara khusus seni lukis.Koleksi yang dipamerkan di museum ini terdiri dari lukisan, patung, dan keramik. Terdapat beberapa koleksi unggulan museum seperti Raja Sulaeman dan Binatang-binatang, Kapal Nabi Nuh Mendarat, Ratu Rimba, dan Tawaf di Masjidil Haram.