Museum Tosan Aji didirikan pada tanggal 13 April 1987 oleh Bapak Ismail (Gubernur Jawa Tengah) atas prakarsa Bpk Soerono (Menkopolkam) bertempat di Kompleks Pendopo eks Kawedanan Kutoarjo. Selanjutnya, pada tanggal 10 Juni 2001 oleh Pemerintah Kabupaten Purworejo Museum Tosan Aji dipindahkan ke Purworejo menempati eks Kantor Pengadilan Negeri pada masa Pemerintahan Belanda di Jl. Mayjend Sutoyo no.10. sekarang Museum terletak di Kompleks Pendopo Kabupaten Purworejodi jl.Setia Budi No.2 Purworejo.

Situs Kawasan Sangiran, yang berisi uraian tentang potensi dan rencana pengelolaan ke depan, termasuk usulan pembentukan lembaga yang secara langsung mengelola situs Sangiran. Master plan tersebut kemudian ditindaklanjuti dengan dengan pembuatan Detail Enginering Plan pada tahun 2007. Mengacu pada Master Plan dan DED tersebut maka pada tahun 2007 telah dibentuk Satker Balai Pelestarian Situs Manusia Purba Sangiran sebagai UPT dari Dirjen Sejarah dan Purbakala, Kementerian Kebudayaan dan Pariwisata. Manusia Purba Sangiran pada tahun 1977 ditetapkan sebagai Daerah Cagar Budaya Nasional dan pada tahun 1996 oleh UNESCO telah ditetapkan sebagai salah satu Warisan Budaya Dunia dengan Nomor 593. Selanjutnya untuk keperluan pelestarian dan pengelolaan maka pada tahun 2004 telah disusun Master Plan Rencana Induk Pelestarian dan Pengembangan Museum Manusia Purba Sangiran (Klaster Krikilan) berdiri pada tahun 2011, pada tanggal 19 Oktober 2014 secara serentak dengan Museum Klaster lainnya dibuka untuk umum.

UGM merupakan salah satu perguruan tinggi tertua di Indonesia yang dilahirkan dalam kancah Perjuangan Kemerdekaan. Universitas ini telah menghasilkan banyak karya dan tokoh penting dalam berbagai bidang. Untuk meneruskan nilai-nilai yang melatari dan dikembangkan, didirikanlah Museum UGM pada tahun 2012 dan diresmikan pada Dies Natalis UGM ke-64 tanggal 19 Desember 2013.

Museum keris Nusantara diresmikan oleh Presiden RI Ir. Joko Widodopada tanggal 9 Agustus 2017.Museum ini merupakan tindak lanjut dari diakuinya Kris Indonesia oleh UNESCO sebagai Warisan Budaya Dunia.

Museum Radyapustaka semula bernama Paheman Radyapustaka. Secara terminologis, paheman berarti tempat berkumpul, radya berarti raja/Negara, dan pustaka artinya buku atau kitab. Ratusan buku kuno nan klasik milik Keraton Kasunanan Surakarta, yang merupakan karya para raja dan pujangga istana, tersimpan di dalamnya. Tak heran jika di halaman gedung Radyapustaka terdapat patung dada Raden Ngabehi Ronggowarsito, salah satu pujangga Jawa yang sangat termasyur. Patung tersebut diresmikan pada tahun 1953 oleh Presiden Indonesia saat itu, Ir. Soekarno. Paheman Radyapustaka didirikan pada tanggal 28 Oktober 1890 oleh KRA Sosrodiningrat IV, pepatih di Keraton Kasunanan Surakarta pada masa pemerintahan Sri Susuhunan Paku Buwono IX dan Sri Susuhunan Paku Buwono X. Untuk menghargai jasanya kemudian dibuatkan patung dada KRA Sosrodiningrat IV yang sekarang ditempatkan di tengah ruang pamer museum. Seiring waktu, Paheman Radyapustaka tidak hanya menyimpan koleksi kepustakaan namun juga menyimpan benda-benda bersejarah yang dikumpulkan dari berbagai koleksi dan sumbangan/hibah sejumlah tokoh. Karena itulah, selanjutnya lebih dikenal sebagai Museum Radyapustaka, untuk memberikan gambaran bahwa di tempat itu tidak hanya menyimpan pustaka-pustaka lama, namun juga menyimpan benda-benda bersejarah lainnya yang merupakan warisan budaya masa lalu.

Museum ini diresmikan tahun 1997 oleh Sri Sultan Hamengku Buwono X. Sebagian besar koleksi berhubungan dengan peralatan kedokteran mata, peralatan rumah tangga, foto, lukisan, buku, dan benda elektronik yang berjumlah lebih dari 900 buah. Museum ini menempati areal di lingkungan Rumah Sakit Mata Dr. Yap dengan luas tanah 246 m2. Rumah sakit Mata Dr. Yap didirikan oleh dr. Yap Hong Tjoen dan diresmikan oleh Sri Sultan Hamengku Buwono VIII pada tahun 1923. Awal mulanya pada tahun 1919 Yap Hong Tjoen lulus dari kuliah di Leiden, Belanda dan kembali ke tanah air. Angan-angan untuk mendirikan klinik mata semakin kuat setelah melihat banyaknya penderita penyakit mata dan kebutaan di Hindia-Belanda (Indonesia). Bermula dari mendirikan balai pengobatan mata di Gondolayu (sekarang menjadi kantor Pos Gondolayu), dengan jiwa sosialnya yang tinggi semua pasien mendapatkan hak yang sama. Dengan meningkatnya jumlah pasien, kemudian dengan dana pribadi dan bantuan dana dari berbagai pihak lain, dr. Yap Hong Tjoen mendirikan Rumah Sakit Mata Dr. Yap (dahulu bernama Prinses Juliana Gasthuis voor Oogglijders) . Kemudian pada tahun 1926 didirikanlah Balai Mardi Wuto untuk memberikan pendidikan dan keterampilan kepada tunanetra.