Realisasi pendirian museum Sonobudoyo tidak lepas dari keputusan Kongres Kebudayaan Java-Instituut tahun 1924 di Yogyakarta. Kongres Kebudayaan tersebut menghasilkan beberapa keputusan, salah satunya adalah mendirikan sebuah museum di Yogyakarta. Keputusan tersebut lahir setelah peserta mendapat inspirasi dari pameran dengan tema seni bangunan Jawa yang digelar oleh Java-Instituut saat berlangsungnya Kongres Kebudayaan tersebut. Sebagai langkah awal realisasi pembangunan museum maka dibentuk sebuah komisi bernama Nijverheid Commisie yang bertugas mempelajari dan mengumpulkan data kebudayaan. Komisi tersebut dibentuk pada tanggal 12 Juli 1928 dan diresmikan pada tanggal 19 November 1928 oleh J.E. Jasper, Residen Yogyakarta saat itu. J.E. Jasper sebagai menjabat sebagai ketua komisi, sedangkan sekretarisnya adalah S. Koperberg. Komisi tersebut bertugas mengumpulkan data tentang kerajinan dan kerajinan benda-benda seni dengan bantuan Kantor Kerajinan (Nijverheid Kantoor) di Jawa, Madura, Bali dan Lombok. Hasil pengumpulan data kebudayaan tersebut didokumentasikan dalam sebuah buku berjudul De Inheemsche Nijverheid op Java, Madura, Bali en Lombok. Buku tersebut diterbitkan pada tahun 1929 yang kemudian dijadikan sebagai dasar pedoman dalam pengumpulan koleksi utama museum sesuai dengan tujuannya. Pengumpulan koleksi juga dibantu oleh Panti Boedaja yang didirikan pada tanggal 10 Februari 1930 di Surakarta. Yayasan tersebut lahir setelah digelar diskusi di Pura Mangkunegaran yang dihadiri oleh Gubernur Residen Surakarta dan Yogyakarta, kepala Mangkunegaran dan Pakualaman, serta Direksi Nasional Kasultanan Yogyakarta dan Kasunanan Surakarta. Panti Boedaja bertugas membantu Java-Instituut dalam mengumpulkan data-data kebudayaan berupa naskah kuno. Yayasan tersebut dipimpin oleh Mangkunegara VII yang sekaligus sebagai dewan pengawas. Panitia Perencana Pendirian Museum lalu dibentuk pada tahun 1931 dengan anggota antara lain: Ir.Th. Karsten P.H.W. Sitsen, Koeperberg. Bangunan museum menggunakan tanah bekas “shouten” tanah hadiah dari Sri Sultan Hamengkubuwono VIII dan ditandai dengan sengkalan candrasengkala “Butha Ngrasa Esthining Lata” yaitu tahun 1865 Jawa atau tahun 1934 Masehi. Sedangkan peresmian dilakukan oleh Sri Sultan Hamengkubuwana VIII pada hari Rabu Wage tanggal 9 Ruwah 1866 Jawa (6 November 1935 Masehi) dengan ditandai candrasengkala “Kayu Winayang ing Brahmana Budha” yang berarti tahun 1866 Jawa atau tahun 1935 Masehi. Pada masa pendudukan Jepang Museum Sonobudoyo dikelola oleh Bupati Paniradyapati Wiyata Praja (Kantor Sosial bagian pengajaran). Di zaman kemerdekaan kemudian dikelola oleh Bupati Utorodyopati Budaya Prawito yaitu jajaran pemerintah Daerah Istimewa Yogyakarta. Selanjutnya pada akhir tahun 1974 Museum Sonobudoyo diserahkan ke Pemerintah Pusat/Departemen Pendidikan dan Kebudayaan dan secara langsung bertanggung jawab kepada Direktorat Jenderal dengan berlakunya Undang-undang No. 22 tahun 2000 tentang kewenangan Pemerintah dan kewenangan Propinsi sebagai Otonomi Daerah. Museum Sonobudoyo mulai Januari 2001 bergabung pada Dinas Kebudayaan dan Pariwisata Propinsi DIY diusulkan menjadi UPTD Perda No. 7/Th. 2002 Tgl. 3 Agustus 2002 tentang pembentukan dan organisasi UPTD pada Dinas Daerah dilingkungan Pemerintah Propinsi Daerah Istimewa Yogyakarta, dan SK Gubernur No. 161/Th. 2002 Tgl. 4 Nopember tentang TU – Poksi.

Museum Tosan Aji didirikan pada tanggal 13 April 1987 oleh Bapak Ismail (Gubernur Jawa Tengah) atas prakarsa Bpk Soerono (Menkopolkam) bertempat di Kompleks Pendopo eks Kawedanan Kutoarjo. Selanjutnya, pada tanggal 10 Juni 2001 oleh Pemerintah Kabupaten Purworejo Museum Tosan Aji dipindahkan ke Purworejo menempati eks Kantor Pengadilan Negeri pada masa Pemerintahan Belanda di Jl. Mayjend Sutoyo no.10. sekarang Museum terletak di Kompleks Pendopo Kabupaten Purworejodi jl.Setia Budi No.2 Purworejo.

Situs Kawasan Sangiran, yang berisi uraian tentang potensi dan rencana pengelolaan ke depan, termasuk usulan pembentukan lembaga yang secara langsung mengelola situs Sangiran. Master plan tersebut kemudian ditindaklanjuti dengan dengan pembuatan Detail Enginering Plan pada tahun 2007. Mengacu pada Master Plan dan DED tersebut maka pada tahun 2007 telah dibentuk Satker Balai Pelestarian Situs Manusia Purba Sangiran sebagai UPT dari Dirjen Sejarah dan Purbakala, Kementerian Kebudayaan dan Pariwisata. Manusia Purba Sangiran pada tahun 1977 ditetapkan sebagai Daerah Cagar Budaya Nasional dan pada tahun 1996 oleh UNESCO telah ditetapkan sebagai salah satu Warisan Budaya Dunia dengan Nomor 593. Selanjutnya untuk keperluan pelestarian dan pengelolaan maka pada tahun 2004 telah disusun Master Plan Rencana Induk Pelestarian dan Pengembangan Museum Manusia Purba Sangiran (Klaster Krikilan) berdiri pada tahun 2011, pada tanggal 19 Oktober 2014 secara serentak dengan Museum Klaster lainnya dibuka untuk umum.

UGM merupakan salah satu perguruan tinggi tertua di Indonesia yang dilahirkan dalam kancah Perjuangan Kemerdekaan. Universitas ini telah menghasilkan banyak karya dan tokoh penting dalam berbagai bidang. Untuk meneruskan nilai-nilai yang melatari dan dikembangkan, didirikanlah Museum UGM pada tahun 2012 dan diresmikan pada Dies Natalis UGM ke-64 tanggal 19 Desember 2013.

Museum keris Nusantara diresmikan oleh Presiden RI Ir. Joko Widodopada tanggal 9 Agustus 2017.Museum ini merupakan tindak lanjut dari diakuinya Kris Indonesia oleh UNESCO sebagai Warisan Budaya Dunia.

Museum Radyapustaka semula bernama Paheman Radyapustaka. Secara terminologis, paheman berarti tempat berkumpul, radya berarti raja/Negara, dan pustaka artinya buku atau kitab. Ratusan buku kuno nan klasik milik Keraton Kasunanan Surakarta, yang merupakan karya para raja dan pujangga istana, tersimpan di dalamnya. Tak heran jika di halaman gedung Radyapustaka terdapat patung dada Raden Ngabehi Ronggowarsito, salah satu pujangga Jawa yang sangat termasyur. Patung tersebut diresmikan pada tahun 1953 oleh Presiden Indonesia saat itu, Ir. Soekarno. Paheman Radyapustaka didirikan pada tanggal 28 Oktober 1890 oleh KRA Sosrodiningrat IV, pepatih di Keraton Kasunanan Surakarta pada masa pemerintahan Sri Susuhunan Paku Buwono IX dan Sri Susuhunan Paku Buwono X. Untuk menghargai jasanya kemudian dibuatkan patung dada KRA Sosrodiningrat IV yang sekarang ditempatkan di tengah ruang pamer museum. Seiring waktu, Paheman Radyapustaka tidak hanya menyimpan koleksi kepustakaan namun juga menyimpan benda-benda bersejarah yang dikumpulkan dari berbagai koleksi dan sumbangan/hibah sejumlah tokoh. Karena itulah, selanjutnya lebih dikenal sebagai Museum Radyapustaka, untuk memberikan gambaran bahwa di tempat itu tidak hanya menyimpan pustaka-pustaka lama, namun juga menyimpan benda-benda bersejarah lainnya yang merupakan warisan budaya masa lalu.