Museum yang berada di belakang makam ini didirikan pada 16 Mei 2016 atas bantuan Bapak Dasir. Ide pendirian museum berasal dari keberadaan barang-barang milik Syeh Djangkung yang dikumpulkan di samping makam. Salah satu barang yang dikumpulkan berupa Batu Bancik Wudhu (batu alas kaki Syeh Djangkung ketika wudhu). Museum ini diharapkan dapat memberikan pengetahuan kepada pengunjung yang datang berziarah ke makam tersebut. Museum saat ini dimiliki dan dikelola oleh Yayasan Syeh Djangkung Landoh Kayeb.

Soeroto, sebagai rektor pertama Universitas Pembangunan Nasional “Veteran”. Pada waktu itu, beliau mengajak beberapa dosen dan ahli mengenai sumber daya alam atas nama pendidikan, antara lain: Prof. Dr. S. Sartono, Dr. M. Oentung, Dr. Ir. C. Danisworo, MSc; Ir. Helmi Murwanto, dan Ir. F Suhartono mulai mengumpulkan koleksi batuan dan fosil. Selanjutnya, Museum Geoteknologi Mineral diberi wewenang oleh Menteri Pertahanan dan Keamanan Republik Indonesia, Jenderal Poniman pada tanggal 27 Februari 1988 berupa penandatanganan prasasti yang diletakkan di depan Museum Geoteknologi Mineral, di Kampus II Universitas Pembangunan Nasional “Veteran

Awal Pendirian Museum Gumuk Pasir diprakarsai adanya Perjanjian Kerjasama antara Badan Koordinasi Survei dan Pemetaan Nasioanal (Bakosurtanal) bersama Fakultas Geografi Universitas Gajah Mada (UGM). Perjanjian Kerjasama yang digagas pada tahun 2001 adalah menyangkut pendirian Museum Alam Gumuk Pasir Barchan. Awal pendirian museum bertujuan untuk pelestarian keberadaan Gumuk Pasir Barchan di Parangtritis. Perjanjian Kerjasama diperbaharui pada tahun 2007 oleh Bakosurtanal, UGM, dan Pemerintah Daerah Istimewa Yogyakarta. Tujuan Kerjasama yang dimaksud adalah untuk pengembangan ilmu pengetahuan dan teknologi di bidang data dan informasi lingkungan serta sumberdaya wilayah. Seiring dengan perkembangannya, perjanjian Kerjasama kembali diperbaharui pada tahun 2010 sampai 2013 untuk melakukan pengelolaan Laboraturium Geospasial Pesisir dan Gumuk Pasir (LGPP). Keberadaan LGPP diperlukan guna melaksanakan riset kolaboratif sumberdaya pesisir dan laut untuk pengembangan ilmu pengetahuan dan teknologi. Hingga pada tahun 2015, Laboraturium Geospasial Pesisir Parangtritis berganti nama menjadi Parangtritis Geomaritime Science Park (PGSP). Perjanjian Kerjasama yang terjalin diperbaharui pada tahun 2016 dengan memperkuat keberadaan Museum Gumuk Pasir. Salah satu misi PGSP adalah melakukan riset kolaboratif dan melakukan komersialisasi hasil riset untuk meningkatkan peran Museum Gumuk Pasir sebagai sarana pembelajaran. Berbekal adanya perjanjian Kerjasama antara pemerintah daerah Derah Istimewa Yogyakarta, Badan Informasi Geospasial (BIG), Universitas Gajah Mada (UGM), dan Pemerintah Kabupaten Bantul, saat ini Museum Gumuk Pasir menjadi bagian dari Parangtritis Geomaritime Science Park dalam pengelolaan dan pengembangan terkait hasil-hasil riset, pengetahuan geospasial, serta wawasan dalam bidang kepesisiran dan kemaritiman. Berlokasi di Kawasan Kagungan Dalem Gumuk Pasir semakin meneguhkan Museum Gumuk Pasir untuk memberikan edukasi utamanya mengenai Gumuk Pasir. Tahun 2024 Parangtritis Geomaritime Science Park bertransformasi menjadi Balai Geospasial Pesisir dan Gumuk Pasir sehingga Museum Gumuk Pasir resmi dibawah naungan Balai Geospasial Pesisir Parangtritis.

Museum Perjuangan Yogyakarta merupakan museum khusus yang gagasan pendiriannya berawal dari Peringatan Setengah Abad Hari Kebangkitan Nasional (20 Mei 1958). Seusai upacara tanggal 20 Mei 1958, diadakan rapat panitia yang menghasilkan pembentukan Panitia Monumen Setengah Abad Kebangkitan Nasional. Sebagai tempat berdirinya monumen, Sri Sultan Hamengkubuwono IX memberikan sebagian halaman Dalem Brontokusuman. Museum Perjuangan Yogyakarta telah mengalami beberapa kali perubahan pengelolaan. Sejak tanggal 5 September 1997, pengelolaan Museum Perjuangan Yogyakarta diserahkan kepada Museum Benteng Vredeburg Yogyakarta sehingga sering disebut dengan Museum Benteng Vredeburg Yogyakarta Unit II.

Museum Sejarah Purbakala Pleret dibangun sejak tahun 2004 dan dibuka untuk umum pada 10 Maret 2014. Peresmian museum dilaksanakan pada tanggal 13 Desember 2015. Museum ini menyimpan koleksi peninggalan Mataram di wilayah Bantul pada umumnya dan Pleret khususnya. Kecamatan Pleret memiliki nilai historis yang tinggi karena menjadi tempat berdirinya Keraton Kerto dan Keraton Pleret. Keraton tersebut sudah tidak dapat dijumpai, namun sebagian sisa bangunannya masih terpendam di dalam tanah, dan beberapa komponen bangunan yang rusak tersebar di beberapa wilayah di sekitar museum

Museum Musik Dunia merupakan salah satu museum yang berada di area Jawa Timur Park 3 dan berada di bawah kepemilikan Jawa Timur Park Group. Museum ini menampilkan berbagai alat musik mancanegara dan alat musik setiap wilayah di Indonesia. Selain alat musik, di museum ini juga mengenalkan pelaku musik nasional maupun mancanegara. Koleksi di museum ini tersebar di tiga lantai. Lantai pertama menampilkan alat musik setiap benua, lantai dua menampilkan koleksi berupa ragam genre musik dan memorabilia serta sampel audio dari berbagai musisi, dan lantai tiga menampilkan konser dan berbagai alat musik klasik dan music box dari puluhan tahun lalu.