Raz Collection Museum and Gallery merupakan museum khusus yang berdiri karena hobi dan kebiasaan Hj. Rahmawaty Sofyan Raz yang mengumpulkan, menata dan merapikan segala bentuk benda yang penuh dengan memori dan kenangan keluarga. Raz Collection Museum & Gallery diresmikan pada tanggal 25 Maret 2008 oleh Menteri Pendidikan periode 2005 – 2009 Prof. Dr. Bambang Sudibyo, MBA. Pengelolaan Raz Collection Museum & Gallery saat ini dilakukan oleh Raz Group.

Museum Kekhatuan Semaka merupakan museum yang diresmikan pada bulan April 2015 oleh Bupati Tanggamus. Pada awalnya Museum Kekhatuan Semaka akan didirikan di pusat Kabupaten Tanggamus, akan tetapi ide ini tidak disetujui oleh Pangeran Semaka dan masyarakat sekitar. Hal ini disebabkan karena seluruh barang yang berada di museum tersebut milik masyarakat sekitar museum, jika dibangun di pusat kabupaten otomatis nama kepemilikan tersebut akan hilang.

Museum Universitas Pelita Harapan (MUPH) merupakan museum khusus yang persiapannya sudah dimulai sejak tahun1993, yaitu dengan dimulainya pengoleksian karya seni rupa. Museum Universitas Pelita Harapan adalah sebuah proyek museum seni rupa yang sedang dipersiapkan di kawasan Lippo Village, Karawaci, Tangerang, kira-kira 21 KM ke arah barat dari Ibukota Jakarta. Sejak bulan Juni 2015, MUPH menempati lokasi di kawasan kampus UPH Karawaci, yaitu di Gedung C (Paddock) UPH. MUPH juga memiliki perpustakaan yang berisi buku-buku referensi pilihan mengenai seni rupa Indonesia maupun dunia serta katalog pameran dan lelang karya

Perpustakaan Departemen Penerjemahan LAI di Bogor adalah perpustakaan pertama yang dimiliki oleh Lembaga Alkitab Indonesia (LAI). Perpustakaan tersebut mulai dirintis pada tahun 1980. Tujuan utamanya adalah menyediakan informasi bagi para Pembina penerjemahan & penerjemah Alkitab yang bekerja di Dep. Penerjemahan LAI. Dalam perkembangannya perpustakaan tersebut juga menyediakan berbagai buku untuk karyawan di bidang lainnya. Pada pertengahan 1998, Sekum LAl menyampaikan secara lisan kepada kepala Perpustakaan LAl saat itu bahwa ada rencana untuk mengembangkan Perpustakaan LAI menjadi Perpustakaan Biblika & Museum LAl. Intinya adalah Badan Pengurus LAI mengharapkan Perpustakaan LAI dapat dikembangkan untuk kepentingan publik dan akan dilengkapi dengan museum. Perpustakaan & Museum LAI resmi berdiri pada 25 Juli 2002 dan awal mulanya berlokasi di Jl. Ahmad Yani No. 90, Bogor (Kompleks Departemen Penerjemahan LAI) sampai tahun 2012. Berdirinya Museum Alkitab LAl diharapkan dapat membantu pemahaman terhadap dunia Alkitab dengan menyajikan benda-benda dan hal-hal yang berasal dari dunia dan kebudayaan Alkitab untuk dilihat secara langsung. Semua koleksi tersebut sebagian telah dihimpun sebelum PerMus LAI berdiri, yaitu berasal dari koleksi Lembaga Alkitab Belanda yang diserahkan ke LAI, selain ada juga koleksi yang disumbangkan secara pribadi, sementara sebagian lagi dibeli oleh LAI, dari dalam dan luar negeri. Bersamaan dengan peresmian Gedung Pusat Alkitab (GPA) di Jl. Salemba Raya no. 12, Jakarta Pusat maka pada 9 Februari 2012, PerMus LAI juga direlokasi menempati lantai dua & tiga di GPA.

Museum Anatomi Unika Atmajaya merupakan museum khusus yang diresmikan pada 5 Juni 1995 oleh Ketua Yayasan Atma Jaya, Prof. Dr. H. E. Harimurti Kridalaksana bersamaan dengan Lustrum ke-35 Unika Atma Jaya dan diberkati oleh Romo F.X. Krismanto. Berdirinya Museum Anatomi Unika Atmajaya diprakarsai oleh dr. Liliana Sugiharto, MS. PAK (K), beliau belajar dari Museum Anatomi Katholieke Universiteit Nijmegen (KUN) di bawah supervisi Dr.L.M.G. Geeraedts. Pada tahun 2014, Museum Anatomi Unika Atmajaya mengalami renovasi dan diberkati oleh Ketua Dewan Pembina Yayasan Atma Jaya sekaligus Uskup Agung Jakarta, Mgr. Ignatius Suharyo.

Museum Purna Bhakti Pertiwi merupakan museum khusus yang diresmikan pada 23 Agustus 1993 oleh Presiden Republik Indonesia Ke-2, Soeharto, yang saat itu menjabat sebagai Presiden Ke-2 Republik Indonesia. Pendirian museum berasal dari gagasan Ibu Tien Soeharto yang meresmikan museum bertepatan dengan ulang tahunnya. Museum Purna Bhakti Pertiwi merupakan wahana pelestarian benda-benda bersejarah yang berkaitan dengan perjuangan dan pengabdian Presiden Soeharto dan Ibu Tien Soeharto kepada bangsa Indonesia, sejak masa kemerdekaan hingga masa pembangunan.