Museum Lukis Affandi pertama kali dirintis oleh Bapak Affandi, sebagai ruang pameran bagi sejumlah hasil karya lukisannya. Pembangunan gedung galeri pertama selesai pada tahun 1962. Bentuk dan rancangan Rumah Panggung dan galeri pertama dibuat oleh Bapak Affandi sendiri dan diilhami pada sebuah pelepah daun pisang yang memiliki filosofi tersendiri bagi Affandi. Affandi adalah putra ke-4 dari Ra Koesuma yang bekerja sebagai mantra ukur (juru gambar) di pabrik gula Jatiluhur Jawa Barat dengan istri keduanya Lajem yang dahulu merupakan gadis tercantik didesanya. Affandi adalah 5 bersaudara kakak pertama bernama Abu Bakar dan Kakak kedua Moh Subur (seorang insinyur) sedangkan kakak ketiga (perempuan) dan adik Affandi yaitu saudara yang ke 5 (perempuan) meninggal akibat penyakit cacar. Pada masa itu belum ada pengobatan atau vaksin seperti sekarang dan mereka yang sakit cacar hanya dibaringkan diatas daun pisang yang utuh kemudian ditutupi juga dengan daun pisang yang lain supaya terasa sejuk dan tidak dihinggapi lalat. Dari cerita inilah kemudian Affandi mempunyai ide untuk membuat atap – atap Museumnya mirip dengan pelepah daun pisang. Bangunan galeri pertama, dengan luas 314,6 m2, diresmikan oleh Direktur Jendral Kebudayaan Prof. Ida Bagus Mantra pada tahun 1974. Dan pada tahun 1987 Presiden Soeharto memberikan bantuan berupa pendirian sebuah bangunan galeri baru yang kedua dengan menempati area tanah seluas 351,5 m2, dan diresmikan oleh Mentri Pendidikan dan Kebudayaan Prof. DR. Fuad Hasan pada tanggal 9 Juni 1988. Museum Affandi ini dikelola oleh Yayasan Affandi sejak tanggal 24 September 1984. Kemudian pada tahun 1997 Yayasan Affandi membangun sebuah galeri yang ke tiga guna melengkapi fasilitas dan sarana pendukung lainnya yaitu lantai I sebagai ruang pamer, lantai II sebagai perkantoran, ruang restorasi lukisan, ruang basement untuk gudang lukisan dan bangunan menara disampingnya sebagai sudut pandang melihat sungai Gajah Wong dan jalan raya dengan luas bangunan 153 m2, yang diresmikan pada tanggal 18 Mei 2000 oleh Sri Sultan Hamengku Buwana X.

untuk ikut melestarikan candi borobudur

Museum Benteng Vredeburg menempati bekas bangunan benteng pertahanan Belanda yang dibangun tahun 1760. Tahun 1992, Museum Benteng Vredeburg resmi dibuka menjadi museum khusus sejarah perjuangan bangsa.

Museum Gunungapi Merapi merupakan museum yang bergerak di bidang edukasi terutama tentang kegunungapian khususnya Gunungapi Merapi. Museum ini mulai dibangun pada tahun 2005 atas kerja sama antara Kementerian ESDM (Energi dan Sumber Daya Mineral), Pemerintah Provinsi DIY, dan Kabupaten Sleman. Pembangunan berjalan selama 4 (empat) tahun hingga pada akhirnya pada tanggal 1 Oktober 2009 Museum Gunungapi Merapi diresmikan oleh Purnomo Yusgiantoro yang saat itu menjabat sebagai Menteri ESDM. Pada tanggal 1 Januari 2010 Museum Gunungapi Merapi resmi dibuka untuk umum. Saat ini Museum Gunungapi Merapi berada di bawah pengelolaan Dinas Kebudayaan (Kundha Kabudayan) Sleman. Museum Gunungapi Merapi memiliki luas tanah seluas 3.5 hektar dan luas bangunan seluas 4.470 m2. Berdiri di atas tanah yang begitu luas Museum Gunungapi Merapi juga menyediakan beberapa ruang terbuka yang dapat dinikmati oleh pengunjung. Museum Gunungapi Merapi memiliki lahan parkir yang cukup luas sehingga mampu menampung kendaraan pengunjung seperti bus, mobil, sepeda motor, dan sepeda dalam jumlah yang banyak. Bangunan Museum Gunungapi Merapi memiliki 2 (dua) lantai yang dapat diakses oleh pengunjung. Pengunjung dapat melihat berbagai macam koleksi dan mencoba berbagai macam alat peraga yang berada di dalamnya. Benda koleksi seperti batuan endapan awanpanas, endapan lava, dan berbagai macam benda seperti sepeda motor, tulang hewan, perlatan dapur yang rusak akibat erupsi Gunungapi Merapi dapat dilihat oleh pengunjung secara langsung. Selain itu Museum Gunungapi Merapi juga memiliki berbagai alat peraga salah satunya adalah alat peraga gempa. Pengunjung dapat merasakan experience getaran gempa vulkanik yang dihasilkan ketika gunungapi mengalami erupsi. Museum Gunungapi Merapi juga memiliki ruang pemutaran film (home theatre) yang dapat dikunjungi oleh pengunjung. Pada ruang pemutaran film tersebut akan diputarkan film tentang erupsi Gunungapi Merapi yang tentunya akan menambah pengetahuan dan gambaran secara utuh mengenai fenomena erupsi Gunungapi Merapi sebagai salah satu gunungapi paling aktif di Indonesia bahkan di dunia.

Gagasan membangun museum olahraga muncul dari Sri Sultan Hamengkubuwono IX dan dicetuskan kembali oleh Abdul Gofur pada 1986 dan menetapkan lokasi di Taman Mini Indonesia Indah. Rancangan bangunan dikerjakan Ir. Zaini Rachiman, dan pola serta isi museum disusun oleh tim yang diketuai I Nyoman Nuarte. Cetak biru bangunan museum olahraga ditandatangani oleh Ibu Tien Soeharto pada 1 Juli 1987. Pada 4 Oktober 1987 peletakan batu pertama dilakukan Alamsyah Ratu Perwira Negara, dan diresmikan Presiden Soeharto pada 20 April 1989 bertepatan dengan HUT Taman Mini Indonesia Indah yang ke-14.

Museum yang dimiliki oleh PT. Pelabuhan Indonesia II ini menempati bangunan cagar budaya yang terletak di dalam Pelabuhan Tanjung Priok. Sebelum dijadikan museum, bangunan difungsikan sebagai Kantor PT. Pelabuhan Indonesia II Cabang Tanjung Priok. Peresmian pertama (soft launching) Museum Maritim Indonesia dilaksanakan pada tanggal 7 Desember 2018 dan masih dalam tahap persiapan peresmian inti (grand launching) sampai saat ini. Saat ini, pengelolaan museum dilaksanakan oleh salah satu anak perusahaan PT. Pelabuhan Indonesia II yaitu PT. Pendidikan Maritim dan Logistik Indonesia.