Museum Wayang Indonesia merupakan museum khusus yang berada di Kecamatan Wuryantoro, Kabupaten Wonogiri. Museum ini didirikan oleh Bupati Begug Poernomosidi, dan diresmikan oleh Presiden Megawati pada tahun 2004. Museum ini berada di bawah kepemilikan Pemerintah Kabupaten Wonogiri dan dikelola oleh Dinas Pendidikan Kabupaten Wonogiri. Museum ini mengoleksi wayang dari berbagai daerah di Jawa Tengah, Jawa Barat dan Bali. Koleksi wayang di museum ini berjumlah sekitar 200 yang terdiri dari Wayang Kulit Purwa, Wayang Golek, Wayang Bali, Wayang Klitik, Wayang Suket, Wayang Beber, Topeng, dan juga Bakalan Wayang. Koleksi lainnya adalah lukisan yang berukuran 3x3 cm buatan Ki Djoko Sutedjo, yang dinobatkan sebagai lukisan Semar terkecil oleh MURI.

Jember merupakan salah satu tempat penghasil tembakau yang terkenal di Indonesia. Tembakau Jember dimanfaatkan terutama untuk bahan pembalut cerutu (dekvlad) selain sebagai bahan pengikat (binder) serta pengisi (filler) aroma cerutu yang berkualitas. Usaha pengolahan tembakau dimulai pada 1859 oleh George Bernie yang mendapatkan hak erfpacht atau hak guna usaha untuk jangka waktu 75 tahun di daerah Jenggawah – Jember sebagai usaha perkebunan tembakau jenis BNO (Besuki Na Oogst). Jember sebagai tempat pengasil tembakau memiliki museum dan perpustakaan mengenai tembakau. Peran dari museum tersebut adalah untuk melestarikan sekaligus mengenalkan tembakau serta memberikan pengetahuan tembakau kepada masyarakat. Di museum berjenis khusus ini pengunjung dapat melihat berbagai jenis tembakau dan peralatan pembuatan tembakau. Kepemilikan Museum Lembaga Tembakau saat ini dipegang oleh pemerintah Kota Jember dan dikelola Unit Pelaksana Teknis (UPT) Pengujian Sertifikasi Mutu Barang dan Lembaga Tembakau Jember.

Museum 1000 Moko merupakan museum khusus yang didirikan atas inisiatif Pemerintah Daerah Kabupaten Alor yang dimulai pada 2003. Museum ini diresmikan oleh Piet A. Tallo, Gubernur Nusa Tenggara Timur pada 4 Mei 2004. Penamaan Museum 1000 Moko menandakan bahwa Alor memiliki banyak Moko dan Moko merupakan warisan leluhur yang harus dilestarikan oleh generasi selanjutnya. Selain itu angka 1000 menunjukkan pada keanekaragaman potensi yang dimiliki Kabupaten Alor baik itu dari aspek sumber daya alam dan aspek kebudayaan yang masih terus dilestarikan oleh masyarakat Alor.

Museum Daerah Dr. (H.C) Oemboe Hina Kapita merupakan museum umum Daerah Sumba Timur. Museum ini diresmikan pada tahun 2007 oleh Ir. Umbu Mehang Kunda, Bupati Sumba Timur. Nama museum berasal dari nama tokoh Sumba yaitu Dr. Oemboe Hina Kapita yang telah menulis banyak buku mengenai Sumba seperti buku Sumba dalam Jangkauan Zaman, Lindai, Kamus Sumba-Indonesia Belanda, Lawiti Luluku Humba Pola Peribahasa Sumba, Tata Bahasa Sumba dalam Dialek Kambera, dan Lii Matua. Ia juga mendapatkan gelar doktor honoris causa dari Universitas Leiden, Belanda.

Pada tahun 1971 dilaksanakan pameran berbagai koleksi hasil kumpulan Gereja Protestan Maluku (GPM). Kemudian koleksi tersebut diserahkan kepada perwakilan Departemen Pendidikan dan Kebudayaan. Hal yang sama juga terjadi ketika tahun 1972/1973 ketika dilakukan penyitaan koleksi asal Maluku Tenggara dari dua orang peneliti asing. Pada 8 November 1973 terbentuk museum di Provinsi Maluku yang diresmikan oleh Direktur Jenderal Kebudayaan, Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Prof. Ida Bagus Mantra didampingi Direktur Permuseuman Drs. Amir Sutarga, yang berlokasi di Karang Panjang Ambon. Museum tersebut diresmikan dengan nama Museum Siwalima .

Museum Negeri Provinsi Papua mulai didirikan pada tahun 1981 hingga 1982. Gedung museum diresmikan pada 23 Oktober 1990 oleh Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Prof. Dr. Fuad Hassan, untuk struktur organisasi dan tata kerja berdasarkan Surat Keputusan Mendikbud Nomor 001/O/1991 Tanggal 9 Januari 1991.