Perintisan pendirian Museum Daerah Provinsi Nusa Tenggara Timur dimulai pada 1977/1978, dibiayai oleh Proyek Pelita - Bidang Kebudayaan. Secara teknis, proyek perintisan pendirian Museum ditangani oleh Bidang Permuseuman Sejarah dan Kepurbakalaan – Kanwil Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Provinsi Nusa Tenggara Timur. Berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No.01/1991 tanggal 9 Januari 1991 yang menyatakan secara resmi pendirian Museum Daerah Provinsi Nusa Tenggara Timur dengan status Unit Pelaksana Teknis (UPT) Museum Daerah Provinsi Nusa Tenggara Timur di bawah Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan RI.Pada Tahun 2000, sebagai bentuk pelaksanaan UU No. 22 Tahun 1999 Tentang Pemerintah Daerah, status UPT Museum Negeri Provinsi NTT menjadi UPT Museum Daerah Provinsi Nusa Tenggara Timur yang pengelolaannya berada di bawah tanggung jawab Kanwil Pendidikan dan Kebudayaan Pemerintah Daerah Provinsi NTT. Berdasarkan Peraturan Pemerintah No.41 Tahun 2007, UPTD Museum Daerah Provinsi Nusa Tenggara Timur dialihkan ke Dinas Kebudayaan dan Pariwisata Prov.NTT. Pada Tahun 2014, urusan kebudayaan digabungkan dengan pendidikan, sehingga Museum Daerah Provinsi Nusa Tenggara Timur menjadi UPT Dinas Pendidikan dan Kebudayaan Provinsi NTT. Pada 1 Januari 2017, UPTD Museum NTT berganti nomenklatur menjadi Bidang Kepurbakalaan dan Permuseuman pada Dinas Kebudayaan Provinsi NTT dan Pada Tahun 2020 terjadi perubahan Nomenklatur menjadi UPTD Museum NTT Dinas Pendidikan Dan Kebudayaan Provinsi Nusa Tenggara Timur

Sejarah pembentukan museum dimulai di tahun 2014, sejak adanya inisiasi pelestarian dokumen, buku, dan peralatan yang digunakan dalam pengelolaan perbendaharaan. Gagasan awal tersebut dicetuskan oleh Joko Wihantoro, Kepala Kanwil Ditjen Perbendaharaan Provinsi Jawa Barat pada waktu itu. Usulan tersebut kemudian direspons oleh Kantor Pusat Ditjen Perbendaharaan dengan ditetapkannya Tim Pembentukan Museum Perbendaharaan di tahun 2015. Museum Perbendaharaan merupakan hasil perencanaan sebuah tim yang dibentuk berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Perbendaharaan Nomor KEP-253/PB/2015 tanggal 10 September 2015 yang dilakukan Tenaga Pengkaji Bidang Perbendaharan, sedangkan tim kerja di lapangan dilakukan oleh Tim Permata (OTL) dan Bagian Umum Setditjen Perbendaharaan dengan melibatkan perwakilan pejabat/pelaksana dari direktorat terkait. Selama kurun waktu 1 tahun dilakukan kegiatan pembangunan fisik (interior) Museum Perbendaharaan dan selesai pada tanggal 21 November 2015, sedangkan kegiatan identifikasi dan pengumpulan benda sejarah serta tulisan sejarah diselesaikan pada bulan Februari 2016. Museum Perbendaharaan di Gedung Dwi Warna ini diresmikan oleh Menteri Keuangan pada tanggal 20 Maret 2016, sementara softlaunching museum ini dilakukan oleh Wakil Menteri Keuangan, Mardiasmo, pada tanggal 21 Maret 2016.

Museum Provinsi Kalimantan Barat merupakan museum umum yang dirintis sejak tahun 1974 oleh Kantor Wilayah Departemen Pedidikan dan Kebudayaan Provinsi Kalimantan Barat melalui Proyek Rehabilitasi dan Perluasan Permuseuman Kalimatan Barat. Fungsionalisasinya diresmikan pada tanggal 4 Oktober 1983 oleh Direktur Jenderal Kebudayaan Departemen Pedidikan dan Kebudayaan. Sejak itu UPT. Museum Provinsi Kalimantan Barat dibuka untuk umum. Kelembagaan museum diresmikan pada tanggal 2 April 1988 oleh Sekretaris Jenderal Departemen Pedidikan dan Kebudayaan berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor: 0754/0/1987 tanggal 2 Desember 1987. Sejak saat itu Museum Negeri Provinsi Kalimantan Barat menjadi Unit Pelaksana Teknis (UPT) Kantor Wilayah Departemen Pedidikan dan Kebudayaan Provinsi Kalimantan Barat. Pada tahun 1991 Museum ini menjadi Unit Pelaksana Teknis Direktorat Jenderal Kebudayaan Departemen Pedidikan dan Kebudayaan berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor: 001/0/1991 tanggal 9 Januari 1991. Berdasarkan Peraturan Pemerintah Nomor 25 Tahun 2000 tentang Kewenangan Pemerintah dan Provinsi sebagai Daerah Otonom (Lembar Negara RI Nomor 3952) dan Keputusan Gubernur Kalimantan Barat Nomor 365 Tahun 2001, Museum Provinsi Kalimantan Barat merupakan Unit Pelaksana Teknis (UPT) Dinas Kebudayaan dan Pariwisata Provinsi Kalimantan Barat, yang merupakan unsur pelaksana operasional Dinas Kebudayaan dan Pariwisata Provinsi Kalimantan Barat. Kemudian berdasarkan Peraturan Gubernur Kalimantan Barat Nomor 20 Tahun 2013 tentang Perubahan atas peraturan Gubernur Nomor 19 tahun 2009 Tentang Pembentukan Susunan Organisasi dan Tata Kerja Unit Museum Provinsi Kalimantan Barat, maka Museum merupakan unsur pelaksana operasional Dinas Pendidikan dan Kebudayaan Provinsi Kalimantan Barat.

Museum Balanga Provinsi Kalimantan Tengah merupakan museum yang dibangun oleh Pemerintah Daerah (Pemda) Tingkat I Kalimantan Tengah pada 1972, atas usul Kepala Kantor Perwakilan Departemen Pendidikan dan Kebudayaan. Museum Kalimantan Tengah resmi di gunakan pada 6 April 1973 dengan nama “Balanga”. Kata Balanga berasal dari nama koleksi unggulan yang menjadi sebuah simbol peradaban Masyarakat Dayak. Selanjutnya, pada 26 November 1990 Direktur Jenderal Pendidikan dan Kebudayaan, GVH. Vooger meresmikannya dengan nama Museum Negeri Provinsi Kalimantan Tengah “Balanga”. Kemudian berdasarkan Peraturan Gubernur (Pergub) Nomor 46 tahun 2017 tanggal 28 november 2017 menjadi UPT Museum Kalimantan Tengah “Balanga” di bawah pembinaan Dinas Kebudayaan dan Pariwisata. Gedung museum sebelumnya pernah di pakai untuk Gedung Monumen Dewan Nasional (GMDN) yang dibangun pada 1963.

Rencana awal pembangunan Museum Subak di Kawasan Masceti dicetuskan oleh para Pekaseh Subak Pengempon Pura Kahyangan Jagat Masceti yang dipimpin oleh I Nyoman Soma Wirawan S.Sos dan pengelola kawasan Jaba Sisi Pura Kahyangan Jagat Masceti, I Ketut Sugata, melalui rapat koordinasi tentang penataan kawasan Pura Kahyangan Jagat Masceti pada awal tahun 2010. Pada pertengahan tahun 2010 diadakan lokakarya di Pura Kahyangan Jagat Masceti yang dihadiri oleh perwakilan Pemerintah Kabupaten Gianyar. Para Pekaseh Pura Kahyangan Jagat Masceti menindaklanjuti hasil lokakarya tersebut diatas dengan mengajukan proposal pembangunan Museum Subak yang berlokasi diatas lahan hak milik Pura Kahyangan Jagat Masceti, kepada Pemerintah Kabupaten Gianyar.

Museum adalah lembaga yang berfungsi melindungi,mengembangkan,memanfaatkan koleksi dan mengkomunikasikannya kepada Masyarakat. Koleksi museum yang selanjutnya di sebut koleksi adalah Benda Cagar Budaya,dan atau struktur cagar budaya dan/atau bukan cagar budaya yang merupakan bukti material alam dan lingkungannya yang mempunyai nilai penting bagi sejarah,ilmu pengetahuan,pendidikan,agama,kebudayaan,teknologi dan /atau peristiwa Museum Nekara sudah di dirikan sejak tahun 1980 dengan nomor Kep/73/VI/1980 tanggal 12 Juni 1980. Penamaan Museum Nekara diambil dari nama benda cagar budaya yaitu Nekara Perunggu yang merupakan ikon budaya Kabupaten Kepulauan Selayar yang tersimpan di Matalalang,Kelurahan Bontobangun,Kecamatan Bontoharu,Kabupaten Kepulauan Selayar. Koleksi Museum Nekara pada waktu itu ada 796 buah koleksi yang terdiri dari berbagai jenis peninggalan sejarah dan hasil kebudayaan masa lampau. Perubahan kelembagaan menyebabkan Museum Nekara di tutup karena tidak ada pengelolanya. Pada tahun 2016 Museum ini dibuka kembali melalui peraturan Bupati Kepulauan Selayar Nomor 19 Tahun 2016 Tentang Pendirian jMuseum Tana Doang Tanggal 30 April Tahun 2016 yang di kelolah oleh seksi cagar budaya dan permuseuman pad a Dinas kebudayaan dan Pariwisata. Kemudian pada tahun 2017 terjadi lagi perubahan kelembagaan dimana urusan kebudayaan pindah ke Dinas Pendidikan dan Kebudayaan sehingga museum dikelolah oleh seksi cagar budaya dan permuseuman pada Dinas Pendidikan dan Kebudayaan. Selanjutnya UPTD Museum Nekara di dirikan melalui Peraturan Bupati Nomor 15 Tahun 2018 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Museum Nekara pada Dinas Pendidikan dan Kebudayaan,Tanggal 17 Mei 2018. Kemudian pada tahun 2021 UPTD Museum Nekara kembali dibawah naungan Dinas Pariwisata dan Kebudayaan melalui peraturan bupati Nomor 10 Tahun 2021,tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Museum Nekara pada Dinas Pariwisata dan Kebudayaantanggal 4 Januari 2021. Saat ini koleksi Museum Nekara berjumlah 10.140 buah.