Museum Gubug Wayang Mojokerto merupakan museum khusus yang menampilkan seni dan budaya, serta etnografi. Museum ini pada awalnya merupakan komunitas yang serius dalam pelestarian seni dan budaya tersebar di pulau Jawa. Museum pertama kali dibuka pada 15 Agustus 2015 dalam bentuk sanggar. Sanggar Gubug Wayang berawal dari luas 3x3 m2 lalu berkembang sampai menjadi 12 cabang sanggar dengan fokus seni dan budaya yang berbeda-beda. Bangunan museum merupakan gedung peninggalan Hindia-Belanda yang dibangun pada 1912. Awalnya gedung ini digunakan sebagai tempat penyimpanan kain, dan kemudian saat tidak digunakan menjadi sarang burung walet. Kemudian pada tahun 2013, bagunan ini direvitaliasi untuk digunakan sebagai museum. Pemilik museum ini adalah Sendjojo Njoto dan dikelola oleh Dea Putri Njoto selaku Direktur Utama Museum. Jenis koleksi yang dipamerkan di museum ini adalah wayang, topeng, terakota, keris, wayang Si Unyil, mainan tradisional serta koleksi - koleksi lain yang berhubungan dengan etnografi.

Museum R. A. Kartini Jepara merupakan museum umum yang didirikan untuk mengenang jasa-jasa R.A. Kartini sebagai perintis emansipasi wanita Indonesia. Untuk mengenang jasa, pengabdian, dan perjuangannya, maka pada 1975 Pemerintah Daerah Tingkat II Jepara, atas usulan wakil rakyat dan bantuan dari Presiden Soeharto mendirikan sebuah museum. Museum ini dibangun pada 30 Maret 1975, pada masa pemerintahan Bupati Soewarno Djojomardowo, S.H. Kemudian diresmikan pada 21 April 1977 oleh Bupati Kepala Daerah Tingkat II Jepara, Soedikto, S.H. tepat seabad peringatan R.A. Kartini, walaupun peringatan seabad R.A. Kartini harusnya jatuh pada 1979, karena Ia lahir pada 1879. Museum Kartini merupakan museum lokal yang dikelola oleh Pemerintah Kabupaten Jepara. Museum ini memamerkan benda-benda peninggalan R.A. Kartini semasa hidupnya, benda peninggalan kakaknya yaitu RMP Sosrokartono serta benda-benda kuno hasil temuan di wilayah Kabupaten Jepara.

Pada masa pendudukan Belanda bangunan museum bahari adalah gudang yang berfungsi untuk menyimpan, memilih dan mengepak hasil bumi, seperti rempah-rempah yang merupakan komoditi utama VOC yang sangat laris di pasaran Eropa. Bangunan yang berdiri persis di samping muara Ci Liwung ini memiliki dua sisi, sisi barat dikenal dengan sebutan Westzijdsche Pakhuizen atau Gudang Barat (dibangun secara bertahap mulai tahun 1652-1771) dan sisi timur, disebut Oostzijdsche Pakhuizen atau Gudang Timur. Gudang barat terdiri dari empat unit bangunan, dan tiga unit di antaranya yang sekarang digunakan sebagai Museum Bahari. Gedung ini awalnya digunakan untuk menyimpan barang dagangan utama VOC di Nusantara, yaitu rempah, kopi, teh, tembaga, timah, dan tekstil. Pada masa pendudukan Jepang, gedung-gedung ini dipakai sebagai tempat menyimpan barang logistik tentara Jepang. Setelah Indonesia Merdeka, bangunan ini dipakai oleh PLN dan PTT untuk gudang. Sementara Menara Syahbandar (Uitkijk) dibangun sekitar tahun 1839, dan awalnya berfungsi sebagai menara pemantau bagi kapal-kapal yang keluar-masuk Kota Batavia lewat jalur laut serta berfungsi kantor "pabean" yakni mengumpulkan pajak atas barang-barang yang dibongkar di pelabuhan Sunda Kelapa. Tahun 1976, bangunan cagar budaya ini dipugar kembali, dan kemudian pada 7 Juli 1977 diresmikan sebagai Museum Bahari. Pada tahun 2015 Unit Pengelola Teknis (UPT) Museum Bahri digabung dengan UPT Taman Arkeologi Onrust dan Situs Marunda untuk kemudian dibentuk menjadi Unit Pengelola (UP) Museum Kebaharian Jakarta, berdasarkan Pergub No. 295 tahun 2014 tentang Pembentukan Organisasi dan Tata Kerja Unit Pengelola Museum Kebaharian Jakarta

"Rahmat International Wildlife Museum & Gallery merupakan museum khusus yang diresmikan oleh Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Prof.Dr. Juwono Sudarsono, MA pada tanggal 14 Mei 1999. Karena besarnya minat masyarakat, maka dilakukan perluasan bangunan baru yang megah dan impresif seluas ±3000 m² dan ±2500 spesies yang diresmikan oleh Presiden RI DR. Susilo Bambang Yudhoyono, MA. pada tanggal 13 November 2007. Pembangunan Rahmat International Wildlife Museum & Gallery didasarkan pada kecintaan Dr. Rahmat Shah sebagai anak desa pada alam serta kesungguhannya dalam mencegah kepunahan hutan dan satwa langka. Museum ini bertujan untuk memperkenalkan keanekaragaman satwa liar yang ada di dunia, sehingga masyarakat terpanggil untuk lebih menyayangi dan menjaga kelestarian lingkungan hidup dan satwa liar "

Museum Le Mayeur merupakan museum khusus yang berisi lukisan-lukisan gaya impresionis, karya Adrien Jean Le Mayeur de Merpres, seorang pelukis asal Brussel, Belgia. Cikal bakal Le Mayeur mengembangkan sayapnya di dunia seni lukis diawali adanya pertemuan antara Le Mayeur dengan seorang penari legong Keraton bernama Ni Pollok yang dijadikan sebagai model lukisan kurang lebih selama 3 tahun. Kemudian, lukisan-lukisannya dipamerkan di Singapura dan mendapat sambutan baik dan namanya semakin dikenal. Setelah pameran tersebut, Le Mayeur kembali ke Bali dan membeli sebidang tanah di pesisir Pantai Sanur. Le Mayeur kerap kali melukis Ni Nyoman Pollok di rumah tersebut, kemudian pada tahun 1935, Le Mayeur menikahi Ni Nyoman Pollok. Sebidang tanah di pesisir Pantai Sanur itupun berubah menjadi rumah yang dipenuhi dengan koleksi karya Le Mayeur. Bahder Djohan selaku Menteri Pendidikan, Pengajaran, dan Kebudayaan pada tahun 1956 berkunjung dan meminta agar rumah Le Mayeur tersebut dijadikan sebagai museum. Pada tanggal 28 Agustus 1957, akta hadiah nomor 37 diberikan oleh Le Mayeur kepada Ni Nyoman Pollok. Selain itu, akta persembahan sehenking nomor 38 yang mengamanatkan rumah beserta isinya baik tanah, lukisan, dan barang bergerak lainnya diserahkan dari Ni Nyoman Pollok kepada Pemerintah Republik Indonesia untuk dijadikan sebagai museum.

Museum Kota Lhokseumawe adalah museum yang terletak di Kota Lhokseumawe yang berdiri pada tahun 2014. Pengelola museum ini adalah Dinas Pendidikan dan Kebudayaan Kota Lhokseumawe. Kepemilikan penuh museum ini diberikan kepada pemerintah Kota Lhokseumawe. Bangunan induk dari museum ini terdiri dari sebuah Rumah Adat Aceh dan sebuah balai tempat penyimpanan padi, alat penumbuk padi dan kamar mandi. Museum Kota Lhokseumawe berlokasi di Jalan Teuku Hamzah Bendanara, Kuta Blang, Banda Sakti, Kota Lhokseumawe, Aceh Pembangunannya menghabiskan dana sebesar Rp 1,8 miliar. Peresmian Museum Kota Lhokseumawe dilakukan oleh Dinas Pendidikan dan Kebudayaan pada hari Jum'at tanggal 18 Oktober 2019 pada pukul 16.00 WIB. Peresmian Museum Kota Lhokseumawe dihadiri oleh Walikota Lhokseumawe yang bernama Suaidi Yahya. Peresmian Museum ini diiringi dengan pementasan pertunjukan seni tradisional. Museum Kota Lhokseumawe memiliki koleksi benda-benda bersejarah. Adapun jenis koleksi dari museum ini berupa peta Lhokseumawe tempo dulu hingga koleksi koin emas dan beraneka senjata tradisional. Selain itu museum Kota Lhokseumawe menyimpan sejumlah benda bersejarah tersimpan di museum itu, seperti pedang, kalung, alat penangkap ikan, Al-quran tempo dulu, tombak, koin emas, aksesoris emas, keramik, guci, dan kande (alat penerangan)