Museum Islam Indonesia K.H. Hasyim Asy’ari berisi berbagai koleksi artefak sejarah perkembangan Islam di Indonesia dari periode awal kemunculannya di Nusantara hingga masa kini. Ide pendirian MINHA digagas oleh Gus Sholah, adik mendiang Gus Dur. Beliau tergugah oleh banyaknya pengunjung yang datang untuk berziarah ke makam Gus Dur. Museum yang bertujuan untuk menyajikan informasi terkait dengan Sejarah perkembangan agama Islam di Indonesia dan kontribusinya terhadap bangsa Indonesia ini diresmikan pada tanggal 19 Desember 2018 oleh Presiden Republik Indonesia, Bapak Joko Widodo.

Provinsi Gorontalo merupakan salah satu daerah yang saat ini dapat dikatakan masih berkembang setelah tahun 2000 menjadi provinsi ke-32, melalui Undang-undang Nomor 38 Tahun 2000. Gorontalo yang dikenal memiliki keragaman etnik yang berawal dari sebuah metafora kerajaan pada masa lalu yakni Limo lo Pohala’a, terdiri dari Suwawa (Tuwawa), Limboto (Limutu), Gorontalo (Hulontalo), Bolango, dan Atinggola. Selain itu terdapat pula berbagai etnik lainnya yang secara historis memiliki korelasi dengan masyarakat Gorontalo, yakni etnik Maluku (Ternate), Bugis-Makassar, Minahasa, Bolaang Mongondow, Arab, dan Tionghoa. Keragaman etnik yang dimiliki Gorontalo tersebut menjadi sebuah ciri dari salah satu identitas yang mencerminkan akulturasi budaya masa lalu menjadi sebuah kekayaan budaya yang masih menunjukkan eksitensinya hingga sekarang. Selain keragaman budaya yang dimiliki, terdapat pula berbagai bukti otentik atau sebuah penggambaran peristiwa sejarah Gorontalo dari masa kolonial, pra kemerdekaan Indonesia 1942 atau dikenal dengan "Hari Patriotisme" masyarakat Gorontalo, dan sampai dengan pasca kemerdekaan Indonesia. Seiring dengan perkembangan provinsi Gorontalo, peran museum untuk menampilkan berbagai koleksi dan menjadikannya sebagai media komunikasi terhadap pengunjung dalam memperoleh informasi terhadap budaya dan sejarah serta dinamika sosial masyarakat Gorontalo sangat diperlukan. Sebagai bentuk perhatian pemerintah, Provinsi Gorontalo menganggarkan dana pembangunan museum dengan lokasi awal seluas ± 1 (satu) hektar melalui APBD sejak tahun 2010. Berikut rincian anggaran:  tahun 2010 sebesar Rp 799.967.250,-  tahun 2011 sebesar Rp 700.000.000,-  tahun 2012 sebesar Rp 339.139.000,-  tahun 2013 sebesar Rp 300.000.000,-  tahun 2014 sebesar Rp 100.000.000,-  tahun 2015 sebesar Rp 451.000.000,-  tahun 2016 sebesar Rp 1.290.719.000,-  tahun 2016 sebesar Rp.1.000.000.000,- (APBN)  tahun 2017 sebesar Rp 858.749.000,-  Tahun 2018 sebesar Rp. 833.977.000,-  Tahun 2019 sebesar Rp.1.150.000.000,-  Tahun 2019 sebesar Rp.1.450.000.000,- (DAK Nonfisik BOP Museum) Jumlah Rp 9.273.551.250,- Museum saat ini memiliki peran sebagai lembaga yang melindungi, mengembangkan, memanfaatkan koleksi dan mengkomunikasikannya kepada masyarakat sesuai bunyi pasal 1 Peraturan Pemerintah Republik Indonesia Nomor 66 Tahun 2015 tentang Museum. Maka untuk menjalankan peraturan tersebut, pemerintah provinsi Gorontalo melalui Dinas Pendidikan Pemuda Olahraga dan Kebudayaan yang saat ini mengelola museum berupaya memenuhi kebutuhan masyarakat terutama dalam hal pelayanan edukasi dalam menunjang pengembangan ilmu pengetahuan dari berbagai lapisan kepentingan di antaranya; pelajar, akademisi, peneliti, budayawan, dan berbagai komunitas pemerhati museum. Keseriusan pemerintah provinsi Gorontalo untuk menjadikan museum daerah sebagai lembaga yang ikut berperan aktif dalam membangun identitas budaya masyarakat,diwujudkan melalui pembangunan gedung museum yang berdiri di atas lahan ± 1 hektar dan pengadaan koleksi yang dianggarkan secara bertahap dari tahun 2010 hingga 2015. Seiring dengan realisasi pembangunan museum tersebut, dibentuklah struktur organisasi Museum Gorontalo yang menjadi salah satu pelaksana teknis bidang permuseuman di tingkat provinsi dan dikelola oleh Dinas Pendidikan Kebudayaan Pemuda dan Olahraga Provinsi Gorontalo pada bulan Januari 2015 melalui Peraturan Gubernur Nomor 59 Tahun 2014, kemudian diperbarui dengan Peraturan Gubernur Nomor 63 Tahun 2017 tentang Unit Pelaksana Teknis Daerah Museum dan Purbakala Provinsi Gorontalo.

- Pulau Onrust, pulau Cipir, pulau Kelor, dan pulau Bidadari dinyatakan sebagai pulau bersejarah yang dilindungi berdasarkan Keputusan Gubernur KDCI Jakarta No.CB. 11/2/16/1972. - Pulau Onrust, pulau Cipir, pulau Kelor, dan pulau Bidadari dikelola dalam UPT Taman Arkeologi Onrust Dinas Kebudayaan dan Permuseuman Pemerintah Provinsi DKI Jakarta sejak tahun 2002. - Pada tahun 2013 UPT Taman Arkeologi Onrust bernaung di bawah UP Museum Kebaharian Jakarta bergabung dengan UPT Museum Bahari. Kemudian pada tahun 2016 UPT Rumah Si Pitung/Situs Marunda menyusul bergabung di bawah UP Museum Kebaharian Jakarta. - Pada tahun 2015 regulasi tentang penetapan cagar budaya tahun 1972 telah diperbarui dalam SK Gubernur No. 2209 tahun 2015 tentang Penetapan Kawasan Cagar Budaya Taman Arkeologi Onrust yang meliputi pulau Onrust, Kelor, Cipir, dan Bidadari. - Museum Arkeologi Onrust mengelola kawasan cagar budaya yang berada di Kepulauan Seribu yaitu pulau Onrust, pulau Cipir, pulau Kelor dan pulau Bidadari.

Museum Sepuluh Nopember merupakan museum khusus yang didirikan pada 10 November 1991 untuk mengenang keberanian masyarakat Surabaya dalam pertempuran 10 November 1945. Museum ini diresmikan oleh KH. Abdurrahman Wahid (Gus Dur) pada 19 Februari 2000. Kepemilikan museum ini dipegang oleh Dinas Kebuadayaan dan Pariwisata Kota Surabaya dan pengelolaannya di bawah tanggung jawab Unit Pelaksana Teknis Daerah (UPTD) Monumen Tugu Pahlawan dan Museum Sepuluh Nopember. Bangunan Museum Sepuluh Nopember berada di sebelah Monumen Tugu Pahlawan yang telah ada jauh sebelum bangunan museum didirikan. Bangunan museum berada di bawah tanah, sehingga hanya atapnya saja yang terlihat. Penempatan ini dilakukan agar tidak menganggu pemandangan Tugu Pahlawan. Museum Sepuluh Nopember menyimpan memori dan artefak dari perjuangan arek-arek Surabaya yang heroik sebelum (pertempuran 3 hari) dan saat pertempuran 10 Nopember. Koleksi yang dipamerkan beragam, seperti foto-foto dokumentasi, senjata baik yang dipakai oleh rakyat Surabaya maupun senjata yang pernah dipakai pihak sekutu dan tentara Jepang. Selain itu, terdapat duplikat surat, hingga pakaian seragam tentara, dan nukilan sejarah yang dilengkapi dengan suara asli. Koleksi unggulan museum ini adalah suara pidato Bung Tomo.

Museum Tosan Aji didirikan pada tanggal 13 April 1987 oleh Bapak Ismail (Gubernur Jawa Tengah) atas prakarsa Bpk Soerono (Menkopolkam) bertempat di Kompleks Pendopo eks Kawedanan Kutoarjo. Selanjutnya, pada tanggal 10 Juni 2001 oleh Pemerintah Kabupaten Purworejo Museum Tosan Aji dipindahkan ke Purworejo menempati eks Kantor Pengadilan Negeri pada masa Pemerintahan Belanda di Jl. Mayjend Sutoyo no.10. sekarang Museum terletak di Kompleks Pendopo Kabupaten Purworejodi jl.Setia Budi No.2 Purworejo.

Kabupaten Grobogan merupakan suatu daerah yang memiliki perjalanan sejarah yang panjang. Seiring dengan banyak ditemukannya benda kuno oleh masyarakat. Kemudian menurut arkeolog benda tersebut termasuk ke dalam kategori Cagar Budaya, kemudian tercetuslah ide oleh Pemerintah Daerah Kabupaten Grobogan untuk mendirikan sebuah museum yang di beri nama “Museum Lokal Purwodadi” pada tahun 1974, yang kemudian berganti nama menjadi Museum Lokal Kabupaten Grobogan. Museum umum ini bersebelahan dengan kantor Dinas Pendidikan dan Kebudayaan Kabupaten Grobogan. Di dalam museum ini terdapat beragam koleksi arkeologika dan etnografika. Koleksi yang dimiliki museum antara lain fosil-fosil kerang laut (bukti bahwa daerah Grobogan pada masa glasial masih berupa lautan), rahang Stegodon (gajah purba), artefak berlatar belakang agama Hindu dari batu kapur (arca-arca, peripih), bata merah, pipisan, benda-benda keramik (piring, mangkok, dan guci), beberapa bagian gamelan ”Senenan” (disebut demikian karena ditabuh/dimainkan hanya setiap Senin pada saat Bupati Grobogan mengadakan pertemuan dengan warga), lesung (perlengkapan menumbuk padi), dan bajak (alat mengolah tanah sawah sebelum ditanami).