Museum Islam Samudra Pasai Kabupaten Aceh Utara merupakan museum khusus yang dibangun secara bertahap mulai tahun 2011 sampai dengan 2016 dengan Dana Otsus Kabupaten Aceh Utara. Luas tapakan bangunan ± 500 m2. Bangunan permanen ini berlantai dua dengan hiasan ornamen khas Samudra Pasai

Museum Negeri Mpu Tantular Provinsi Jawa Timur merupakan museum umum yang pada awalnya merupakan Stedelijk Historisch Museum Surabaya yang dibangun oleh seorang kolektor Jerman bernama Von Faber dan diresmikan pada 25 Juni 1937. Stedelijk Historisch Museum Surabaya kemudian berubah menjadi Museum Jawa Timur dan pada 1 November 1974 diresmikan menjadi Museum Negeri Provinsi Jawa Timur Mpu Tantular yang dikelola oleh Unit Pelaksana Teknis (UPT) Museum Negeri Mpu Tantular. Koleksi yang ditampilkan di museum lebih banyak berupa tinggalan arkeologi. Lokasi museum juga berpindah-pindah mulai dari Raadhuis Ketabang, kemudian di Jl. Tegalsari, lalu di Jl. Pemuda, di Jl. Taman Mayangkara, dan terakhir di Jl. Raya Buduran (sisi barat Jembatan Layang Buduran). Museum ini juga mengadakan berbagai kegiatan seperti pameran keliling, program Museum Masuk Sekolah, seminar, lomba, festival, peragaan koleksi, pemutaran film, dan bimbingan khusus karya tulis bagi pelajar dan mahasiswa. Program tahunan museum ini yaitu Festival Tantular.

Pada masa pendudukan Belanda bangunan museum bahari adalah gudang yang berfungsi untuk menyimpan, memilih dan mengepak hasil bumi, seperti rempah-rempah yang merupakan komoditi utama VOC yang sangat laris di pasaran Eropa. Bangunan yang berdiri persis di samping muara Ci Liwung ini memiliki dua sisi, sisi barat dikenal dengan sebutan Westzijdsche Pakhuizen atau Gudang Barat (dibangun secara bertahap mulai tahun 1652-1771) dan sisi timur, disebut Oostzijdsche Pakhuizen atau Gudang Timur. Gudang barat terdiri dari empat unit bangunan, dan tiga unit di antaranya yang sekarang digunakan sebagai Museum Bahari. Gedung ini awalnya digunakan untuk menyimpan barang dagangan utama VOC di Nusantara, yaitu rempah, kopi, teh, tembaga, timah, dan tekstil. Pada masa pendudukan Jepang, gedung-gedung ini dipakai sebagai tempat menyimpan barang logistik tentara Jepang. Setelah Indonesia Merdeka, bangunan ini dipakai oleh PLN dan PTT untuk gudang. Sementara Menara Syahbandar (Uitkijk) dibangun sekitar tahun 1839, dan awalnya berfungsi sebagai menara pemantau bagi kapal-kapal yang keluar-masuk Kota Batavia lewat jalur laut serta berfungsi kantor "pabean" yakni mengumpulkan pajak atas barang-barang yang dibongkar di pelabuhan Sunda Kelapa. Tahun 1976, bangunan cagar budaya ini dipugar kembali, dan kemudian pada 7 Juli 1977 diresmikan sebagai Museum Bahari. Pada tahun 2015 Unit Pengelola Teknis (UPT) Museum Bahri digabung dengan UPT Taman Arkeologi Onrust dan Situs Marunda untuk kemudian dibentuk menjadi Unit Pengelola (UP) Museum Kebaharian Jakarta, berdasarkan Pergub No. 295 tahun 2014 tentang Pembentukan Organisasi dan Tata Kerja Unit Pengelola Museum Kebaharian Jakarta

Gedung ini menjadi sangat penting artinya bagi bangsa Indonesia karena pada tanggal 16-17 Agustus 1945 terjadi peristiwa sejarah, yaitu perumusan naskah proklamasi bangsa Indonesia. Oleh karena itu pada tahun 1984, Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Prof. Nugroho Notosusanto, menginstruksikan kepada Direktorat Permuseuman agar merealisasikan gedung bersejarah ini menjadi Museum Perumusan Naskah Proklamasi. Berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan No. 0476/1992 tanggal 24 Nopember 1992, gedung yang terletak di Jalan Imam Bonjol No. 1 ditetapkan sebagai Museum Perumusan Naskah Proklamasi, yaitu sebagai Unit Pelaksana Teknis di bidang Kebudayaan dibawah Direktorat Jenderal Kebudayaan, Departemen Pendidikan dan Kebudayaan. Tantangan yang dihadapkan oleh museum khusus yaitu penggalian informasi yang terbatas dari suatu peristiwa atau tokoh yang bersangkutan dengan museum tersebut. Oleh karena diperlukan upaya-upaya agar eksistensi Museum Perumusan Naskah Proklamasi tetap ada.

Realisasi pendirian museum Sonobudoyo tidak lepas dari keputusan Kongres Kebudayaan Java-Instituut tahun 1924 di Yogyakarta. Kongres Kebudayaan tersebut menghasilkan beberapa keputusan, salah satunya adalah mendirikan sebuah museum di Yogyakarta. Keputusan tersebut lahir setelah peserta mendapat inspirasi dari pameran dengan tema seni bangunan Jawa yang digelar oleh Java-Instituut saat berlangsungnya Kongres Kebudayaan tersebut. Sebagai langkah awal realisasi pembangunan museum maka dibentuk sebuah komisi bernama Nijverheid Commisie yang bertugas mempelajari dan mengumpulkan data kebudayaan. Komisi tersebut dibentuk pada tanggal 12 Juli 1928 dan diresmikan pada tanggal 19 November 1928 oleh J.E. Jasper, Residen Yogyakarta saat itu. J.E. Jasper sebagai menjabat sebagai ketua komisi, sedangkan sekretarisnya adalah S. Koperberg. Komisi tersebut bertugas mengumpulkan data tentang kerajinan dan kerajinan benda-benda seni dengan bantuan Kantor Kerajinan (Nijverheid Kantoor) di Jawa, Madura, Bali dan Lombok. Hasil pengumpulan data kebudayaan tersebut didokumentasikan dalam sebuah buku berjudul De Inheemsche Nijverheid op Java, Madura, Bali en Lombok. Buku tersebut diterbitkan pada tahun 1929 yang kemudian dijadikan sebagai dasar pedoman dalam pengumpulan koleksi utama museum sesuai dengan tujuannya. Pengumpulan koleksi juga dibantu oleh Panti Boedaja yang didirikan pada tanggal 10 Februari 1930 di Surakarta. Yayasan tersebut lahir setelah digelar diskusi di Pura Mangkunegaran yang dihadiri oleh Gubernur Residen Surakarta dan Yogyakarta, kepala Mangkunegaran dan Pakualaman, serta Direksi Nasional Kasultanan Yogyakarta dan Kasunanan Surakarta. Panti Boedaja bertugas membantu Java-Instituut dalam mengumpulkan data-data kebudayaan berupa naskah kuno. Yayasan tersebut dipimpin oleh Mangkunegara VII yang sekaligus sebagai dewan pengawas. Panitia Perencana Pendirian Museum lalu dibentuk pada tahun 1931 dengan anggota antara lain: Ir.Th. Karsten P.H.W. Sitsen, Koeperberg. Bangunan museum menggunakan tanah bekas “shouten” tanah hadiah dari Sri Sultan Hamengkubuwono VIII dan ditandai dengan sengkalan candrasengkala “Butha Ngrasa Esthining Lata” yaitu tahun 1865 Jawa atau tahun 1934 Masehi. Sedangkan peresmian dilakukan oleh Sri Sultan Hamengkubuwana VIII pada hari Rabu Wage tanggal 9 Ruwah 1866 Jawa (6 November 1935 Masehi) dengan ditandai candrasengkala “Kayu Winayang ing Brahmana Budha” yang berarti tahun 1866 Jawa atau tahun 1935 Masehi. Pada masa pendudukan Jepang Museum Sonobudoyo dikelola oleh Bupati Paniradyapati Wiyata Praja (Kantor Sosial bagian pengajaran). Di zaman kemerdekaan kemudian dikelola oleh Bupati Utorodyopati Budaya Prawito yaitu jajaran pemerintah Daerah Istimewa Yogyakarta. Selanjutnya pada akhir tahun 1974 Museum Sonobudoyo diserahkan ke Pemerintah Pusat/Departemen Pendidikan dan Kebudayaan dan secara langsung bertanggung jawab kepada Direktorat Jenderal dengan berlakunya Undang-undang No. 22 tahun 2000 tentang kewenangan Pemerintah dan kewenangan Propinsi sebagai Otonomi Daerah. Museum Sonobudoyo mulai Januari 2001 bergabung pada Dinas Kebudayaan dan Pariwisata Propinsi DIY diusulkan menjadi UPTD Perda No. 7/Th. 2002 Tgl. 3 Agustus 2002 tentang pembentukan dan organisasi UPTD pada Dinas Daerah dilingkungan Pemerintah Propinsi Daerah Istimewa Yogyakarta, dan SK Gubernur No. 161/Th. 2002 Tgl. 4 Nopember tentang TU – Poksi.

Museum Dr. Soetomo merupakan museum khusus yang diresmikan pada 29 November 2017. Dr. Soetomo merupakan pendiri Boedi Oetomo dan salah satu figur berpengaruh pada masa pergerakan kemerdekaan Indonesia. Museum ini berada di kompleks Gedung Nasional Indonesia (GNI). GNI merupakan tempat pembentukan Komisi Nasional Indonesia (KNI) dan Badan Keamanan Rakyat (BKR), serta salah satu tempat terjadinya peristiwa 10 November 1945.