Museum Semarajaya merupakan museum yang didirikan sebagai pengingat peristiwa bersejarah perang Puputan “Puputan Klungkung”. Puputan Klungkung merupakan peristiwa yang berlangsung pada tanggal 28 April 1908 yang melibatkan masyarakat Bali dengan prajurit Belanda. Peristiwa ini menewaskan beberapa tokoh penting di Bali salah satunya adalah Ida I Dewa Agung Gede Jambe yang naik tahta Kerajaan Klungkung tahun 1904. Museum ini menampilkan koleksi peninggalan Kerajaan Klungkung seperti peralatan upacara, rumah tangga, senjata dan juga hasil karya seni. Peresmian Museum Semarajaya dilaksanakan pada tanggal 28 April 1992 oleh Bapak Rudini selaku Menteri Dalam Negeri. Museum Semarajaya menggunakan bekas gedung Sekolah rakyat yang berdiri sejak tahun 1925 atau dikenal dengan nama sekolah MULO (Sekolah Menengah Zaman Belanda) yang kemudian digunakan sebagai SMPN 1 Klungkung yang terletak di dalam Komplek Kertha Gosa/Taman Gili, Pemedal Agung yang merupakan pintu bekas Kerajaan Klungkung. Pemerintah Belanda membangun gedung tersebut pada tanggal 28 April 1908 tepatnya setelah Kerajaan Klungkung runtuh. Bangunan museum bergaya Belanda dan berpadu dengan gaya tradisional khas Bali.

Museum BI menempati gedung BI Kota yang sebelumnya digunakan oleh De Javasche Bank, gedung yang mempunyai nilai sejarah tinggi yang terancam kerusakan apabila tidak dimanfaatkan dan dilestarikan. Pemerintah telah menetapkan bangunan tersebut sebagai bangunan cagar budaya. Selain dari gedung bersejarah, BI juga memiliki benda-benda dan dokumen-dokumen bersejarah yang perlu dirawat dan diolah untuk dapat memberikan informasi yang sangat berguna bagi masyarakat.

Museum Indonesia merupakan salah satu museum yang ada di TMII berlokasi di samping Gedung Badan Pusat Pengelolaan Taman Mini "Indonesia Indah" dengan posisi menghadapa arah Selatan. Gedung bertingkat 3 yang sarat dengan patung-patung dan ukiran-ukiran bergaya arsitektur tradisional Hindu Bali yang telah dikembangkan dan dirancang oleh Ida Bagus Tugur, seorang arsitek, pelukis dan juga seorang dosen dari Universitas Udayana. Pembangunan Museum Indonesia diprakarsai oleh Almarhumah Ibu Siti Hartinah Soeharto atau Ibu Tien Soeharto di atas tanah seluas 20.100 m2 dan luas bangunan utama 7.000 m2. Waktu yang diperlukan untuk membangun museum ini kurang lebih 4 tahun lamanya dimulai sejak peletakan batu pertama pada tahun1976 hingga selesai pada tahun 1980. Museum Indonesia diresmikan oleh Bapak Presiden Soeharto pada tanggal 20 april 1980 bertepatan dengan ulang tahun TMII ke-5 dan sejak saat itu pula Museum Indonesia dibuka untuk umum. Tujuan dibangunnya Museum Indonesia adalah sebagai tempat penelitian ilmiah, pendidikan, pariwisata dan rekreasi. Museum adalah lembaga yang berfungsi melindungi, mengembangkan, memanfaatkan koleksi dan mengomunikasikannya kepada masyarakat. Pembangunannya didasari oleh filosofi Tri Hita Kirana yang menjelaskan adanya 3 sumber kebahagiaan manusia yaitu hubungan manusia dengan sesama, manusia dengan lingkungan, dan manusia dengan Tuhan.

Museum Situs Patiayam merupakan museum khusus yang menampung temuan dari daerah situs Patiayam. Museum ini menginformasikan mengenai kehidupan manusia beserta lingkungannya pada masa Plestosen. Museum ini mulai didirikan pada tahun 2004. Museum Situs Patiayam memiliki koleksi berjumlah 99 yang ditampilkan pada display. Jenis temuan berupa hewan purba kurang lebih 6230 fragmen terdiri dari spesien hewan laut, air tawar dan darat. Temuan teridentifikasi mencapai 3500 fragmen yang dilakukan oleh balai arkeologi Jogjakarta dan BPSMP Sangiran.

Pendirian museum ini merupakan gagasan dari Prof. Drg. RG Indrayana (alm.) dan Prof. Ir. Moeso Soeryowinoto (alm.). Beliau berdua adalah Tenaga Pendidik (Dosen) Fakultas Biologi UGM. Awalnya, koleksi museum ini merupakan penggabungan dari koleksi Museum Zoologicum yang dikelola. Prof. Drg. RG Indrayana (alm.) dan koleksi Museum Herbarium yang dikelola Prof. Ir. Moeso Soeryowinoto (alm.). Sejak tahun 1956, kedua museum ini bersama-sama berada di bawah Fakultas Biologi, UGM, Yogyakarta yang kala itu masih bertempat di Ndalem Mangkubumen, Ngasem. Kondang dengan sebutan Fakultas “Kompleks Ngasem”. Pada perkembangan selanjutnya, atas prakarsa Dekan Fakultas Biologi, Ir. Suryo Adisewoyo (alm.), bertepatan dengan Dies Natalis Fakultas Biologi UGM, pada tanggal 20 September 1969, diresmikanlah Museum Biologi yang terletak di Jalan Sultan Agung No. 22, Kecamatan Mergangsan, Kotamadya Yogyakarta, Propinsi DIY. Peresmian dilakukan oleh Rektor Universitas Gadjah Mada, Prof. Dr. Soeroso H. Prawirohardjo, M.A. (Alm.). Museum Biologi UGM mulai dibuka untuk umum sejak 1 Januari 1970. Tahun 1969 – 2001, pengelolaan Museum Biologi ini berada di bawah tanggungjawab Drs. Anthon Sukahar sebagai ketua tim pelaksana sekaligus Kepala / Direktur Museum yang pertama. Kepala Museum selanjutnya adalah Tenaga Pendidik (Dosen) Fakultas Biologi UGM yang ditunjuk oleh Dekan Fakultas Biologi UGM melalui Surat Keputusan Dekan.

Museum pendidikan Kota Malang merupakan museum khusus yang didirikan pada tahun 2010. Museum ini terletak di kawasan Malang International Education Park (MIEP) Tlogowaru, Malang. Koleksi yang ditampilkan di museum ini terdiri alat-alat pendukung terselenggaranya pendidikan, serta seni dan kebudayaan Indonesia. Alat-alat pendidikan yang ditampilkan mulai dari yang tradisional hingga modern seperti sabak dan grip, daun lontar, buku-buku kuno, pulpen, mesin tik, dan komputer. Koleksi lainnya seperti bangku sekolah, sepeda angin, sepeda kuno, dan tas para pengajar. Selain koleksi pendidikan, ditampilkan pula pakaian adat daerah di Indonesia seperti dari Jawa, Aceh, dan lainnya. Ada juga pakaian dinas yang dipakai oleh guru dari masa ke masa, jenis permainan tradisional, uang-uang kuno dan foto-foto para pahlawan Indonesia. Museum pendidikan Kota Malang berada di bawah kepemilikan dan pengelolaan Dinas Pendidikan Kota Malang.