Pada masa pendudukan Belanda bangunan museum bahari adalah gudang yang berfungsi untuk menyimpan, memilih dan mengepak hasil bumi, seperti rempah-rempah yang merupakan komoditi utama VOC yang sangat laris di pasaran Eropa. Bangunan yang berdiri persis di samping muara Ci Liwung ini memiliki dua sisi, sisi barat dikenal dengan sebutan Westzijdsche Pakhuizen atau Gudang Barat (dibangun secara bertahap mulai tahun 1652-1771) dan sisi timur, disebut Oostzijdsche Pakhuizen atau Gudang Timur. Gudang barat terdiri dari empat unit bangunan, dan tiga unit di antaranya yang sekarang digunakan sebagai Museum Bahari. Gedung ini awalnya digunakan untuk menyimpan barang dagangan utama VOC di Nusantara, yaitu rempah, kopi, teh, tembaga, timah, dan tekstil. Pada masa pendudukan Jepang, gedung-gedung ini dipakai sebagai tempat menyimpan barang logistik tentara Jepang. Setelah Indonesia Merdeka, bangunan ini dipakai oleh PLN dan PTT untuk gudang. Sementara Menara Syahbandar (Uitkijk) dibangun sekitar tahun 1839, dan awalnya berfungsi sebagai menara pemantau bagi kapal-kapal yang keluar-masuk Kota Batavia lewat jalur laut serta berfungsi kantor "pabean" yakni mengumpulkan pajak atas barang-barang yang dibongkar di pelabuhan Sunda Kelapa. Tahun 1976, bangunan cagar budaya ini dipugar kembali, dan kemudian pada 7 Juli 1977 diresmikan sebagai Museum Bahari. Pada tahun 2015 Unit Pengelola Teknis (UPT) Museum Bahri digabung dengan UPT Taman Arkeologi Onrust dan Situs Marunda untuk kemudian dibentuk menjadi Unit Pengelola (UP) Museum Kebaharian Jakarta, berdasarkan Pergub No. 295 tahun 2014 tentang Pembentukan Organisasi dan Tata Kerja Unit Pengelola Museum Kebaharian Jakarta

Museum Balla Lompoa merupakan museum khusus. Balla Lompoa berarti “Rumah Besar’. Sesuai dengan namanya, Balla Lompoa memang merupakan rumah besar, tidak hanya dari segi ukuran, tetapi juga dari segi siapa yang menghuninya. Rumah tersebut merupakan istana yang menjadi tempat tinggal “orang besar”, yaitu Raja-raja Gowa dan keluarganya. Pendiri rumah ini adalah I Mangngi Mangngi Daeng Matutu Karaeng Bontonompu Sultan Muhammad Thahir Muhibudding Tumenengari Sungguminasa, Raja ke-35 Kerajaan Gowa. Istana ini dibangun pada tahun 1935. Dalam perkembangannya kemudian, Istana Balla Lompoa berubah status menjadi Museum Balla Lompoa yang diresmikan pada 6 Januari 1980. Museum Balla Lompoa pada awalnya ditempati raja ke-35 sampai pada masa Raja Gowa yang terakhir ke-36. Kemudian setelah berakhir masa kerajaan dan beralih ke masa swapraja atau masa pemerintahan, maka Istana Balla Lompoa beralih status menjadi Museum Balla Lompoa yakni pada masa pemerintahan Bupati Gowa yang ke-2, Andi Tau.

Museum Akpol Lemdiklat Polri yang berlokasi di Jl. K. S Tubun Komplek Akademi Kepolisian Semarang Jawa Tengah terdiri 2 lantai dengan luas tanah 1.000 m² dan luas bangunan 2.000 m² beserta fasilitas penunjang dan benda-benda koleksi yang dihibahkan dari Pusjarah Polri. Museum Akpol diresmikan oleh Kapolri Jenderal Polisi Drs. Listyo Sigit Prabowo, M.Si tanggal 24 Februari 2023 kemudian dihibahkan oleh Kapusjarah Polri Brigadir Jenderal Polisi Hari Nugroho S.I.K kepada Gubernur Akpol Inspektur Jenderal Polisi Drs. Suroto, M.Si pada tanggal 9 Maret 2023.

Gagasan membangun museum olahraga muncul dari Sri Sultan Hamengkubuwono IX dan dicetuskan kembali oleh Abdul Gofur pada 1986 dan menetapkan lokasi di Taman Mini Indonesia Indah. Rancangan bangunan dikerjakan Ir. Zaini Rachiman, dan pola serta isi museum disusun oleh tim yang diketuai I Nyoman Nuarte. Cetak biru bangunan museum olahraga ditandatangani oleh Ibu Tien Soeharto pada 1 Juli 1987. Pada 4 Oktober 1987 peletakan batu pertama dilakukan Alamsyah Ratu Perwira Negara, dan diresmikan Presiden Soeharto pada 20 April 1989 bertepatan dengan HUT Taman Mini Indonesia Indah yang ke-14.

Museum Situs Lubang Tambang Mbah Soero merupakan museum khusus yang terbagi menjadi dua bagian yaitu Galeri Info Box dan Lubang Tambang Mbah Soero. Galeri Info Box dulunya merupakan tempat stock field (penumpukan batu bara) yang digali dari lubang tambang Mbah Soero. Pada tahun 1947 pada lokasi ini dibangun gedung Pertemuan Buruh (GPB), gedung ini berfungsi sebagai tempat hiburan sekaligus tempat bermain judi bagi buruh pekerja tambang yang tinggal disekitar Kawasan Tanah Lapang dan Air Dingin. Tahun 1965 Gedung Pertemuan Buruh berubah menjadi Gedung Pertemuan Karyawan (GPK), dan pada masa ini dimanfaatkan oleh Partai Komunis sebagai ruang pertemuan setiap yang setiap minggunya mengadakan bazar (pasar murah) sebagai rayuan untuk merekrut anggota baru. Tahun 1970-an gedung ini beralih fungsi menjadi rumah karyawan tambang batu bara hingga tahun 2004. Dari tahun 2004 sampai dengan 2007 dilakukan penelitian oleh Badan Cagar Budaya dan Bangunan tidak termasuk dalam kategori benda cagar budaya yang dilindungi sehingga akhir tahun 2007 bangunan ini dirobohkan dan dibangun gedung baru. Pada tahun 2016 dilakukan lagi penelitian antara Kantor Peninggalan Bersejarah dengan Pusat Studi Humaniora Universitas Andalas Padang tentang pemberian nama objek Mbah Soero dengan keterkaitan lubang tambang. Dari hasil penelitian tersebut tidak ditemukan sosok seorang Mbah Soero, namun Mbah Soero hanya ada dalam cerita fiktif yang berkembang di tengah masyarakat yaitu seorang mandor dari Jawa yang menjadi panutan bagi pekerja buruh pada masa Kolonial Belanda.

Museum Provinsi Kalimantan Barat merupakan museum umum yang dirintis sejak tahun 1974 oleh Kantor Wilayah Departemen Pedidikan dan Kebudayaan Provinsi Kalimantan Barat melalui Proyek Rehabilitasi dan Perluasan Permuseuman Kalimatan Barat. Fungsionalisasinya diresmikan pada tanggal 4 Oktober 1983 oleh Direktur Jenderal Kebudayaan Departemen Pedidikan dan Kebudayaan. Sejak itu UPT. Museum Provinsi Kalimantan Barat dibuka untuk umum. Kelembagaan museum diresmikan pada tanggal 2 April 1988 oleh Sekretaris Jenderal Departemen Pedidikan dan Kebudayaan berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor: 0754/0/1987 tanggal 2 Desember 1987. Sejak saat itu Museum Negeri Provinsi Kalimantan Barat menjadi Unit Pelaksana Teknis (UPT) Kantor Wilayah Departemen Pedidikan dan Kebudayaan Provinsi Kalimantan Barat. Pada tahun 1991 Museum ini menjadi Unit Pelaksana Teknis Direktorat Jenderal Kebudayaan Departemen Pedidikan dan Kebudayaan berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor: 001/0/1991 tanggal 9 Januari 1991. Berdasarkan Peraturan Pemerintah Nomor 25 Tahun 2000 tentang Kewenangan Pemerintah dan Provinsi sebagai Daerah Otonom (Lembar Negara RI Nomor 3952) dan Keputusan Gubernur Kalimantan Barat Nomor 365 Tahun 2001, Museum Provinsi Kalimantan Barat merupakan Unit Pelaksana Teknis (UPT) Dinas Kebudayaan dan Pariwisata Provinsi Kalimantan Barat, yang merupakan unsur pelaksana operasional Dinas Kebudayaan dan Pariwisata Provinsi Kalimantan Barat. Kemudian berdasarkan Peraturan Gubernur Kalimantan Barat Nomor 20 Tahun 2013 tentang Perubahan atas peraturan Gubernur Nomor 19 tahun 2009 Tentang Pembentukan Susunan Organisasi dan Tata Kerja Unit Museum Provinsi Kalimantan Barat, maka Museum merupakan unsur pelaksana operasional Dinas Pendidikan dan Kebudayaan Provinsi Kalimantan Barat.