Cikal bakal berdirinya Museum Provinsi Sulawesi Tenggara dimulai sejak tahun 1978/1979 dalam wadah proyek pembinaan permuseuman yang dikelola bidang Peninggalan Sejarah dan Kepurbakalaan di lingkungan Kantor Wilayah Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Provinsi Sulawesi Tenggara. Pada 1991 Museum Sulawesi Tenggara resmi menjadi Museum Provinsi Sulawesi Tenggara yang merupakan Unit Pelaksana Teknis Direktorat Jenderal Kebudayaan dengan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 001/0/1991 Tanggal 9 Januari 1991. Seiring dengan berlakunya Undang-Undang Otonomi Daerah, maka Museum Provinsi Sulawesi Tenggara juga dilimpahkan ke pemerintah daerah, selanjutnya berdasarkan Surat Keputusan Gubernur Provinsi Sulawesi Tenggara menjadi Unit Pengelola Teknis Dinas Pendidikan dan Kebudayaan Provinsi Sulawesi Tenggara. Tahun 2009 Museum Provinsi Sulawesi Tenggara berpindah menjadi Unit Pengelola Teknis Dinas Kebudayaan dan Pariwisata Provinsi Sulawesi Tenggara. Selanjutnya tahun 2011 museum kembali sebagai Unit Pengelola Teknis Dinas Pendidikan dan Kebudayaan Provinsi Sulawesi Tenggara.

Museum Wayang Indonesia merupakan museum khusus yang berada di Kecamatan Wuryantoro, Kabupaten Wonogiri. Museum ini didirikan oleh Bupati Begug Poernomosidi, dan diresmikan oleh Presiden Megawati pada tahun 2004. Museum ini berada di bawah kepemilikan Pemerintah Kabupaten Wonogiri dan dikelola oleh Dinas Pendidikan Kabupaten Wonogiri. Museum ini mengoleksi wayang dari berbagai daerah di Jawa Tengah, Jawa Barat dan Bali. Koleksi wayang di museum ini berjumlah sekitar 200 yang terdiri dari Wayang Kulit Purwa, Wayang Golek, Wayang Bali, Wayang Klitik, Wayang Suket, Wayang Beber, Topeng, dan juga Bakalan Wayang. Koleksi lainnya adalah lukisan yang berukuran 3x3 cm buatan Ki Djoko Sutedjo, yang dinobatkan sebagai lukisan Semar terkecil oleh MURI.

Museum Kota Tanjungpinang merupakan museum umum yang diresmikan oleh Walikota Tanjungpinang pada 31 Januari 2009. Museum ini berada di bawah kepemilikan Pemerintah Kota Tanjungpinang dan dikelola oleh Dinas Kebudayaan dan Pariwisata Kota Tanjungpinang

Museum Ullen Sentalu didirikan oleh Keluarga Haryono dengan dukungan dari para sesepuh Dinasti Mataram yang bergabung dalam Yayasan Ulating Blencong Yogyakarta. Museum dibangun sejak akhir tahun 1980-an dan diresmikan pada 1 Maret 1997 oleh Gubernur DI Yogyakarta KGPAA Paku Alam VIII. Museum Ullen Sentalu dikelola oleh Yayasan Ulating Blencong Yogyakarta dan bermisi untuk merawat dan melestarikan seni dan budaya Jawa. Sejak peresmian hingga saat ini, Museum Ullen Sentalu masih dalam tahap pengembangan dan pembangunan untuk menjadi lembaga museum yang menjadi pusat studi sejarah, seni, dan budaya Jawa.

Setelah peristiwa yang menyebabkan kematian pelukis Basoeki Abdullah pada tahun 1993, rumah pribadinya yang terletak di Jalan Keuangan Raya No. 19 CIlandak Barat, Jakarta Selatan, diserahkan oleh pihak keluarga kepada Pemerintah Republik Indonesia melalui Direktorat Jenderal Kebudayaan cq. Direktorat Permuseuman, untuk dijadikan museum. Setelah direnovasi agar dapat difungsikan sebagai museum, tanggal 25 September 2001, rumah tersebut resmi beralih fungsi menjadi Museum Basoeki Abdullah, dan diresmikan oleh Menteri Kebudayaan dan Pariwisata saat itu, Drs. I Gede Ardika. Museum ini memiliki dua bangunan. Bangunan pertama disebut Gedung I, merupakan rumah tinggal Basoeki Abdullah, dan bangunan kedua disebut Gedung II adalah Gedung baru yang dibangun sebagai pengembangan area museum. Kedua bangunan ini dihubungkan oleh sebuah Lorong yang menghubungkan masing-masing bangunan.

Perintisan pendirian Museum Daerah Provinsi Nusa Tenggara Timur dimulai pada 1977/1978, dibiayai oleh Proyek Pelita - Bidang Kebudayaan. Secara teknis, proyek perintisan pendirian Museum ditangani oleh Bidang Permuseuman Sejarah dan Kepurbakalaan – Kanwil Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Provinsi Nusa Tenggara Timur. Berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No.01/1991 tanggal 9 Januari 1991 yang menyatakan secara resmi pendirian Museum Daerah Provinsi Nusa Tenggara Timur dengan status Unit Pelaksana Teknis (UPT) Museum Daerah Provinsi Nusa Tenggara Timur di bawah Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan RI.Pada Tahun 2000, sebagai bentuk pelaksanaan UU No. 22 Tahun 1999 Tentang Pemerintah Daerah, status UPT Museum Negeri Provinsi NTT menjadi UPT Museum Daerah Provinsi Nusa Tenggara Timur yang pengelolaannya berada di bawah tanggung jawab Kanwil Pendidikan dan Kebudayaan Pemerintah Daerah Provinsi NTT. Berdasarkan Peraturan Pemerintah No.41 Tahun 2007, UPTD Museum Daerah Provinsi Nusa Tenggara Timur dialihkan ke Dinas Kebudayaan dan Pariwisata Prov.NTT. Pada Tahun 2014, urusan kebudayaan digabungkan dengan pendidikan, sehingga Museum Daerah Provinsi Nusa Tenggara Timur menjadi UPT Dinas Pendidikan dan Kebudayaan Provinsi NTT. Pada 1 Januari 2017, UPTD Museum NTT berganti nomenklatur menjadi Bidang Kepurbakalaan dan Permuseuman pada Dinas Kebudayaan Provinsi NTT dan Pada Tahun 2020 terjadi perubahan Nomenklatur menjadi UPTD Museum NTT Dinas Pendidikan Dan Kebudayaan Provinsi Nusa Tenggara Timur